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「bedtools」屏蔽指定区域

「bedtools」屏蔽指定区域

作者: 溪溪溪溪溪川 | 来源:发表于2021-03-03 11:25 被阅读0次

NCBI数据上传报错处理方法之一:
Exclude的去除
Trim的以下区域用N屏蔽

用N屏蔽:rm

bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -mc
-fi 输入基因组文件
-bed 需要屏蔽的区域,bed格式
-fo 输出基因组文件名
-mc 硬屏蔽,用N屏蔽

用小写屏蔽:sm

bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -soft

查看屏蔽区域是否涉及基因

bedtools intersect -a trim.bed -b V2.gene.bed >V2.intersect.bed

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