「bedtools」屏蔽指定区域

NCBI数据上传报错处理方法之一：
Exclude的去除
Trim的以下区域用N屏蔽

用N屏蔽：rm

bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -mc
-fi 输入基因组文件
-bed 需要屏蔽的区域，bed格式
-fo 输出基因组文件名
-mc 硬屏蔽，用N屏蔽

用小写屏蔽：sm

bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -soft

查看屏蔽区域是否涉及基因

bedtools intersect -a trim.bed -b V2.gene.bed >V2.intersect.bed