ceRNA是个啥?
首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥,英文名competing endogenous RNAs,咱给翻译成——竞争性内源RNA。其实简单去理解只要理解一个核心就是,lncRNA可能竞争性结合miRNA,影响miRNA调控mRNA。 它并不是一个新的物种,如果说lncRNA性别为男,miRNA性别为女,ceRNA并不是太监,这时候ceRNA讲的是花前月下的男女朋友(还是出轨呀),当然啦,有些lncRNA很有可能是单身狗。
摘要
基于这样一个知识背景,我们来看那些正儿八经的不花钱不动脑的故事是怎样炼成的,我们还是老办法,先看摘要了解下大概的内容:
![](https://img.haomeiwen.com/i15721061/456244270464d46b.png)
看完这个,大家心里就有数了,总结一下就是用TCGA RNA-seq数据构建了TNBC的ceRNA网络,然后做了一个小小的RT-qPCR验证,当然是不怎么花钱的。
![](https://img.haomeiwen.com/i15721061/2e9fc4d5c1028ac6.png)
咱们老规矩,看图说话,首先就是差异分析的结果,包括mRNA, miRNA, lncRNA三次,作者做了个热图意思一下,这里首先就是咱找到三批差异RNA了。
![](https://img.haomeiwen.com/i15721061/18df1e65e6cbb86c.png)
接下来,这个就是那个著名的几乎都会看到表示下用到的sample临床信息分布情况,让大家知道下病人大体的分布情况。
生存分析
![](https://img.haomeiwen.com/i15721061/b7afc6f7de4b1be0.png)
大家这个大家都认识,就是生存曲线嘛,有意思的是作者的描述,4个代表性的基因,小编同学觉得似乎不是很合理。其实这里是作者批量的用K-M法对咱上一步筛选到的差异基因做生存分析,然后选出跟预后相关的,然后作者就这么代表性的放了4个。
大家很容易想到通过差异基因的生存分析会得到一部分lncRNA,miRNA,mRNA,然后就基于这些基于构建网络。大家当然关心这些基因又是怎么构建的嘞,小编给大家找句原文的话,
we selected 66 DElncRNAs that could bind to 24 DEmiRNAs based on miRcode. Then, mRNAs targeted by the DEmiRNAs were searched using two target gene prediction databases miRTarBase and Targetscan,
说白了就是用三个数据库完成lncRNA找miRNA,再用miRNA找mRNA,妥妥的三角恋。
![](https://img.haomeiwen.com/i15721061/5e3eaffc3c882e2c.png)
继续往下走,就是自己找了30对sample做了几个qP验证,如果是小编,这样的文章打死不验证,诚然,作者根本就没有继续深入的想法了,做几个qPCR何用,实在想完成动作,完全可以试图找几个其它数据集验证下。
总结陈词
以后本小编要自己给增加一部分总结陈词(奇葩说看多了hh),文献需要具备以下的TCGA数据下载分析能力,批量生存分析的能力,cytoscape构建网络(完全可以做的更好看些嘛),然后就没有然后啦。
从文献整体来看思路实在是简单粗暴,确实是达到了不怎花钱又不动脑的目的,但简单粗暴的教大家灌水实在不是小编同学的本意,它仅仅是一个工具,师傅领进门,修行在个人,数据库的使用,分析方法的使用全在个人。小编同学相信无论是一篇文献,一个人的价值都在于其不可替代性。
似乎好久没有鸡汤,想必这个时候很是合适:势利纷华,不近者为洁,近之而不染者尤洁;智械机巧,不知者为高, 知之而不用者为尤高,污泥不染,知巧不用。出自《菜根谭》
明代 洪应明
与诸君共勉
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