宗教改革运动和反宗教改革运动，同样都代表文明较低的民族对意大利的精神统治的反抗。就宗教改革运动来讲，这反抗也是政治性的神学上的反抗，教皇的威信被否定，他原来凭天国钥匙权获得的那份供奉不再缴纳。就反宗教改革运动来说，只有对文艺复兴时期意大利的精神自由、道德自由的反抗，教皇的权力未被削弱倒有所增强，不过同时也明确了他的威信与包吉雅家和梅迪奇家的散漫、放纵水火难容。粗略讲来宗教改革是德意志的运动，反宗教改革是西班牙的运动。例次宗教战争同时就是西班牙和他的敌国之间的战争。这在年代上是与西班牙国势达到鼎盛的时期相一致的。
北方民族的民情舆论对待文艺复兴时期意大利的态度在当时的这句英国谚语里有所说明:
一个意大利化的英国人
就是魔鬼化身
我们会想起莎士比亚剧本中的恶棍有多少个是意大利人，亚哥或许是最著名的例子了，但更富于典型性的实例是《辛白林》里的亚奇莫，他把正在意大利游历的那位品德高洁的布利吞人引上迷路又来到英国，对真诚无猜的土著耍弄阴谋诡计。在道德上对意大利人的愤闷和宗教改革运动有密切关系。不幸，这种愤懑还牵连着在思想意识上否认意大利人对文明所做的贡献。
宗教改革运动和反宗教改革运动的三杰是路德、加尔文和罗耀拉，在思想认识上所有这三人和仅在他们以前的意大利人比起来，或者和埃拉斯魔与莫尔一类的人比起来，他们的哲学观是中古式的。按哲学讲，宗教改革开始以后的一个世纪是个不毛的世纪。路德和加尔文又返回圣奥古斯丁，不过只保存他的教育中讲灵魂与神的内容的那部分，不保留关于教会的部分。他们的神学是一种削弱教会权力的神学，炼狱中的王者灵魂能靠迷赛祭拯救出来，他们废弃了炼狱。教皇收入有一大部分依赖免罪税，他们否定这一说。根据预定说，把死后灵魂的宿命讲的与祭司的举措完全无关。这种种革新虽然在对教皇的斗争上起了助力，却阻碍各新教教会，在新教国家做到向旧教教会，在旧教国家那样有势力。新教牧师也和旧教神学家一样偏执，但是他们的势力较小，所以为害也较少。
几乎从刚一开始，新教徒中间，关于国家在宗教事务中的权限问题就分歧，不管哪国君主只要他奉献新教，只要他信奉新教路德，就愿意承认他是本国的宗教首领。在英国亨利八世和伊丽莎白一世，极力坚持自己有这方面的权利，德意志、斯堪迪纳维亚以及荷兰的新教君主们也都采取同样态度，这加速了既有的主权扩张趋势。
但是对宗教改革的个人主义各方面认真看待的新教徒们不愿意屈从教皇，也同样不甘心顺服国王。德意志的再洗礼派被镇压下去了，但是这派的教义传播到荷兰和英国。克伦威尔与长期国会的争斗，有许多方面。在神学方面，这争斗一部分是国家在宗教事务中应有裁决权这个意见的反对者和赞同者之间的争斗。逐渐由于宗教战争闹的人疲惫倦怠，宗教宽容信念滋长起来，这信念是发展成为18 19世纪自由主义的那派运动的一个源泉。
新教徒的成功最初一日千里，主要因罗耀拉创立耶稣会才受了挫折。罗耀拉原先当过军人，他的教团是照军队榜样建立的，对总会上必须无条件服从，每一个耶稣会员应当认为自己正从事对异端的战斗。早在土伦特宗教会议时，耶稣会人就开始有声势，他们有纪律，精明强干，彻底献身于事业，善于宣传他们的神学，正是新教神学的反面。他们否定圣奥古斯丁的教育中为新教徒所强调的那些成分，他们信自由意志，反对预定说。得救不是仅仰仗信仰做到的，而靠信仰和功德双方面。耶稣会人凭布道热忱，特别在远东获得了威信，他们坐做听神功工的神父受到欢迎，因为他们除对异端外比别种教士宽厚慈悲，他们倾注全力办教育，因而牢牢把握住青年人的心，他们所思的教育在不夹杂杂着神学的时候，总是无可他求的良好教育。他们传授给笛卡尔的大量数学知识，是他在别处学不到的，在政治上他们是团结而有纪律的单一整体，不避危险，不辞劳苦，他们敦促旧教君主进行残酷迫害，尾随着胜利者西班牙军的战尘，特别在享有了将近一个世纪思想自由的意大利，再树立起异端审判所的恐怖气氛。
宗教改革和反宗教改革在知识界中的后果，起初纯是不良的，但是结局却是有益的。通过30年战争，人人深信，不论新教徒和旧教徒，哪一方也不能获全胜，统一教义，这个中世纪的愿望必须放弃。这于是扩大了甚至在种种根本问题上的人的独立思考的自由，不同国家的宗教信条各异，因此便有可能靠侨居外国逃脱迫害。有可能的人由于厌恶神学中的争斗，越来越把注意力转到现实学问，特别转到数学和自然科学上。一部分由于这些原因，虽然路德兴起后的16世纪，在哲学上是个不毛时期，17世纪却拥有最伟大人物的名字，标示出希腊时代以来最可瞩目的进展，这进展由科学开端。
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