这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。
b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个简书教程https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

为什么要安装conda

根据徐洲更哥哥的说法，miniconda是一个Linux下的应用市场，我们可以用它下载大部分我们需要的生信分析软件。一般来说，一个软件包的运行需要依赖于其他已有的包，miniconda很好地解决了这个问题。此外miniconda也能够提供不同的隔离环境方便python2和python3依赖的软件之间相互冲突。

安装conda

这里我们用清华镜像进行安装
进入网页https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，选择一个miniconda3的Linux版本，右键复制链接，我下载最近版本的会报错，保险起见下一个不是特别新的版本吧。

找到一个合适的版本
回到Linux界面，用wget命令进行下载。

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh

完成下载后用bash命令开始安装，每一步都按提示走，但是这里注意当问你是否要添加到环境变量时选择no。

bash Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh #开始安装

这一步选no（截图自徐洲更b站教程）

到这里就完成了miniconda的安装。
如果你需要卸载conda，在~目录下用rm命令删除miniconda3文件夹即可

管理miniconda

首先启动miniconda，我们需要进入miniconda的环境才能使用相关的命令，这时候你的命令行最前面出现了一个（base）。当然也可以跟着其他教程学着做一个软连接就不用那么麻烦了。

source ~/miniconda3/bin/activate

下面我们需要添加一些频道，我们就是通过这些频道查找并进行软件安装。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

这时候我们输入以下代码，就看到这些频道已经添加上了。:wq退出

vim ~/.condarc

添加频道

现在我们就可以安装软件了，但是先别忙，我们需要再构建一个python2的隔离环境，要不当你安装python2的软件时，你的miniconda依赖包就会被改成python2。

create -n python2 python=2 #创建python2环境
conda info --envs #查看当前环境
source activate python2 #进入python2环境
source deactivate python2 #回到base环境

以下命令可以退出基础环境

conda deactivate

用miniconda安装RNAseq需要的应用

进入miniconda环境后，我们就可以用conda install命令安装软件了。

##python3环境下
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同时指定两个软件安装） 
conda install hisat2 sra-tools

##python2环境下
source activate python2 #进入python2环境
conda install htseq -y

conda list #查看已经安装的软件

这里补充一个彩蛋。我有一次安装软件的时候卡了，软件没下完就中断了，在这种情况下是没办法安装其他软件的，需要先卸载这个软件才行。需要进入~/miniconda3/pkgs/目录，用rm命令删除对应的.tar.bz2文件,然后用conda clean -a命令清除一下。这样就可以继续安装软件了。

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这样我们完成了所有的准备工作，可以正式开始RNA-seq流程了。