Bisulfite Conversion

重硫酸盐法-转换

这里我们注意3种DNA链：

1、Watson链和Crick链（名字不代表任何意义 仅用于区分互补的两条链）

【这两条链均为原始DNA链 未经处理 但已有待测的5mC】

3、BSW链（或者BSC链）：这两条链分别对应Watson链和Crick中 碱基的转换为“未甲基化的C-T”

4、BSWR链（或者BSCR链）：同理 因此碱基的转换为“G-A”

接下来看BISMARK是如何比对的

【首先我们要明确 因为处理后得到了四条链 这里是不能像RNA-seq一样直接进行比对的】

一种方法 比对

将所有的C-to-T（包括reads和ref）

这一步的意义在于：

1、对于reads来说，此时reads上所有的存在（而待转换的）C均带有甲基，此时将这些C转换为T是为了下一步与经过同样转换的ref相比对

2、对于ref来说，将所有的C人为地转为T是为了模拟重亚硫酸盐的处理，且假设所有的C均未甲基化。

这样，我们得到的ref和reads在序列上就完全一样了 我们也就能够得知每一个测序片段是来自原始的两条链中的哪一个，在知道了这个后，我们再将reads上转换过的C-to-T换回T-to-C，就能得出5-mC了。

BSMAP是如何比对的呢？

另一种处理方法

这一步的灵魂在于：create multiple versions of reference seed with C’s converted to T’s

这一灵魂操作的内在意义是：由于我们不知道被甲基化修饰的C是原始ref链上的哪一个，因此我们假设每一个C都有可能是5mC，于是对它进行C-to-T的处理，然后再和真正被bisulfite处理的片段进行比对。

【比对的原则是T可以比对为C或T，而C只能比对为C】

C只能比对为C的原因是：我们在灵魂操作的时候选择保留这个C而不人为地转换为T就是因为假设它是被甲基化的。

而T可以比对至C或T的原因是：

1、如果T比对T，即代表该T原为未被甲基化的C，而在bisulfite的处理中转换为了T

2、如果T比对C，即代表该C为甲基化的C

孰优孰劣？

两种计算方法的对比