GSEA

参考：(21条消息) JDK的下载、安装和环境配置教程（2021年，win10）_Marvin_996_ICU的博客-CSDN博客_jdk

(21条消息) GSEA软件使用方法简介_庐州月光的博客-CSDN博客_gsea软件、
GSEA导入.cls文件报错解决办法 - 简书 (jianshu.com)

先是下载软件：

window系统安装java

下载JDK

首先我们需要下载java开发工具包JDK，下载地址：Java Downloads | Oracle

image.png

JDK的环境配置

image.png image.png image.png

点击“新建”，新建系统变量名JAVA_HOME，变量值为JDK安装根目录

image.png
同上，新建CLASSPATH系统变量，变量值为.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;。（引号内的全部内容，注意最前方是点不是逗号）

编辑（或者新建）PATH变量，将刚刚新建的JAVA_HOME变量加上bin目录设置到PATH中
%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin;

通过控制台测试JDK是否安装成功

1、同时按键盘上“win”、“R”两个键打开运行，输入“cmd”确定打开控制台。

11

2、键入命令: java -version、java、javac 几个命令，出现以下信息，说明环境变量配置成功；
然后新建一个文档Text.java，内容如下

public class Text {
    public static void main(String []args) {
       System.out.println("Hello World");
    }
}

image.png

复制该文档所在地址

image.png

在命令界面输入以下两个命令，如果生成新的文件，说明java安装成功。

cd C:\Users\user\Desktop
javac Text.java

image.png

下载GSEA Downloads (gsea-msigdb.org)

image.png
安装好就可以准备输入文件了，表达量文件，可以是芯片，也可以是rna-seq的定量结果，后缀为gct或者是txt，格式如下：
image.png
第一行内容总是为#1.2，第二行表示表达量矩阵的维度，第一个值对应探针探针/基因个数，第二个数值代表样本个数，第三行是表达量矩阵的表头，前两列固定是NAME和Description, NAME是基因ID或者探针ID,必须保证唯一，Description表示描述信息，如果没有，可以用na填充，后面每列对应一个样本。

样本的分组文件，后缀为cls, 示意如下

在这里插入图片描述
但是我的文件导入总是出错，后来我知道因为我的文件类型不是用latex生成的，所幸有别人分享了cls文件，就是用别人的.cls文件直接改成.txt文件，然后进去编辑自己的内容，删掉原来的内容，重新改回.cls即可！大家可以用我的.cls文件，然后去更改即可！
链接：https://pan.baidu.com/s/1W-D61RMfd4An3SpNarjG8g
提取码：1111
之后便是做分析，重点关注一下这两个地方就好啦，其他的按照你的要求选择参考数据库。
image.png
生成了太多的文件，我根本不需要那么多！！！祝大家也能和我一样好运