SSR引物？Indel引物？批量设计也来了~

写在前面

早前，「TBtools」开放了 SSRminer 功能，可以快速在全基因组范围内鉴定 SSR，这个在分子标记开发上似乎还是有点作用。前两天，咱们也释放了「Batch qPCR Primer Design」这个功能，可用于批量对转录本序列（mRNA/Exon/CDS）进行引物设计，感觉还是不错的。尤其是现在很多人一做就是几十个基因。既然如此，我们也完全可以针对 SSR 所在区域设计引物，用于分子标记开发。对吧，这个逻辑没啥问题。而 SSR 可以，那么 Indel 区间也可以。于是有了今天这个插件「Batch Target Region Primer Design」。

插件简介

「Batch Target Region Primer Design」的使用与「Batch qPCR Primer Design」的使用是类似的，最大的区别，那么是输入文件。对于今天这个插件，我们需要的输入文件是两个：

1. 参考序列信息（具体看目标区间从啥序列鉴定出来），Fasta格式，用于获取目标区间的序列
2. 目标区间信息，格式为 ChrID \t StartPos \t EndPos；对于SSR区域，用户完全可以使用「TBtools」的 SSRminer 功能得到；而对于 Indel 或者其他区间，则按相应格式整理即可。注意到，最重要的，其实只是前三列。

具体界面如下

注意到，不是每一个区间都能设计到可用的引物。只输出能设计出合适引物的引物序列。
具体使用如下

结果文件如下，与之前的类似

拓展内容

事实上，只要是引物，我们就可以用「Primer Check」插件功能，查看引物是否能较好的扩增或者是扩增的产物在当前材料中是否特异。
先把引物的表格格式转换为 Fasta 格式。

随后使用「Primer Check」进行引物查找

写在最后

Emmm，路漫漫其修远兮....很多功能，一个一个释放吧。