190304 用GEOquery从GEO数据库下载数据
作者:
森尼啊 | 来源:发表于
2019-03-04 22:11 被阅读0次
① 下载得到对象
- gds858 <- getGEO(‘GDS858’, destdir=“.”) ##根据GDS号来下载数据，下载soft文件
- gpl96 <- getGEO(‘GPL96’, destdir=“.”) ##根据GPL号下载的是芯片设计的信息！
- gse1009 <- getGEO(‘GSE1009’, destdir=“.”)##根据GSE号下载数据，下载_series_matrix.txt.gz
- 下载的文件都会保存在本地，destdir参数指定下载地址。
比较重要的三个参数是：GSEMatrix=TRUE,AnnotGPL=FALSE,getGPL =TRUE
- getGEO打开本地数据：gds858 <- getGEO(filename=‘GDS858.soft.gz’)
②不同对象处理方式
- 下载GDS和GPL得到的对象很复杂，用Table(gds858)可以得到表达矩阵； 用Meta(gds858)可以得到描述信息
- 下载GSE ：处理函数有geneNames/sampleNames/pData/exprs(这个是重点，对expression set 对象的操作函数)
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