美文网首页
通过pbs脚本进行blast+本地化

通过pbs脚本进行blast+本地化

作者: 草莓苹果大橘子 | 来源:发表于2021-03-10 09:15 被阅读0次

    cd “文件目录” #将当前目录切换到目标路径下

    makeblastdb -in uniprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index -out uniprot  #建数据库

    参数说明:

    -in 需要建库的fasta序列

    -dbtype 如果是蛋白库则用prot,核酸库用nucl

    -out 所建数据库的名称

    -parse_seqids 和 -out uniprot 一般都加上,解释如下:

    -parse_seqids => Parse Seq-ids in FASTA input        #我也不懂这是干啥

    -hash_index => Create index of sequence hash values

    blastp -query protein.fasta -db uniprot -evalue 1e-3 -out blast.xml -outfmt "5" -num_alignments 10 -num_threads 2

    -query 输入文件名,也就是需要比对的序列文件

    -db 格式化后的数据库名称

    -evalue 设定输出结果中的e-value阈值

    -out 输出文件名

    -num_alignments 输出比对上的序列的最大值条目数

    -num_threads 线程数

    此外还有:

    -num_descriptions 对比对上序列的描述信息,一般跟tabular格式连用

    -outfmt     

      0 = pairwise,

      1 = query-anchored showing identities,

      2 = query-anchored no identities,

      3 = flat query-anchored, show identities,

      4 = flat query-anchored, no identities,

      5 = XML Blast output,

      6 = tabular,

      7 = tabular with comment lines,

      8 = Text ASN.1,

      9 = Binary ASN.1

      10 = Comma-separated values

    例子

    [ZCH_luxm@login ~]$ cat /public/home/ZCH_luxm/At/Aar_CEF.pbs

    #PBS

    #PBS -N Aar_CEF

    #PBS -l nodes=1:ppn=5

    #PBS -q batch

    #PBS -o /public/home/ZCH_luxm/At

    #PBS -e /public/home/ZCH_luxm/At

    module load apps/ncbi-blast/2.10.1

    blastp -query /public/home/ZCH_luxm/At/At_CarbohydrateEsteraseFamily_pep1.fasta -db /public/home/ZCH_luxm/Actinidia_arguta/Aar_protin_simple_db/A.arguta-protin-simpleID.db -evalue 1e-5 -out /public/home/ZCH_luxm/At/Aar_CEF_blast1.xml -outfmt 6

    根据自己的需求设定blast参数

    本文部分内容摘抄于http://www.bioinfo-scrounger.com

    相关文章

      网友评论

          本文标题:通过pbs脚本进行blast+本地化

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/tjoiqltx.html