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gffread可以提取反义链的序列吗?

gffread可以提取反义链的序列吗?

作者: 宗肃書 | 来源:发表于2021-03-19 01:02 被阅读0次

其实我问这个的原因是因为CPAT这个软件要求建立训练模型的时候提供的mRNA序列或者lncRNA序列必须是5‘~3’,所以如果参考序列的转录本位于负链上,那我们用gffread这个软件提取出来的序列是负链的序列还是反向互补的序列呢?

首先盲猜是反向互补序列,不然设计这个软件就没什么优势了
但是我决定还是验证一下

思路如下:
首先找到一个位于负链的转录本,然后把这个转录本提取出来放在一个文件里,用gffread取提取对应的序列信息。
然后把这个文件里的-号改为+,再用gffread去提取,如果两个结果是一模一样的,就证明gffread可以实现碱基互补配对的这个过程。

接下来有时间操作一下

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