肿瘤微环境
- 输入文件为转换后的带基因名称的转录组数据文件
- estimate可以计算肿瘤微环境的打分，limma对出现多行的基因进行取平均值保留
- 删除正常样品，保留肿瘤样品；用estimate计算打分
相关性分析
- 横坐标为打分，纵坐标基因的表达；模拟的线段为一条相关性的线
- 输入数据为肿瘤微环境打分文件，要研究的单基因表达文件
- 脚本：设置p值过滤条件，代码里边是0.001；获取基因名称，去除正常样品；两个输入文件取交集；相关性检验是按照33个肿瘤进行循环，得到表达量与打分的数值，使用spearman；得到相关性与显著性，使用ggplot进行可视化；把R与pvalue计算出来再加上密度图
免疫细胞浸润
- 参考文件是前人做的免疫细胞的表达谱，可以把我们的数据与前人的免疫细胞表达谱进行对比
- 脚本思路：设置过滤条件 p小于0.05，把预测准确的取出；保留肿瘤样品，对数据进行矫正（TCGA为转录组数据，对照文件为芯片数据）
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