MSI+火山图

MSI学习笔记

MSI的检测方法和应用

1. DNA检测和免疫组织化学法
2. 使用MANTIS算法来计算各个样本的MSI得分（参考文献： Landscape of Microsatellite Instability Across 39 Cancer Types.）
   来源：100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性生信技能树

微卫星不稳定

1. 重复序列在基因组中，有串联重复序列，有三种类型：卫星DNA、小卫星DNA、微卫星DNA，区别在于重复单位的长度。
2. 微卫星DNA，重复单位仅2-5bp，一般为1-6个碱基重复。
3. 为了防止MSI，就有了DNA错配修复（mismatch repair，MMR），它由一系列特异性修复DNA碱基错配的酶（由错配修复基因编码）组成，能够查出MSI并进行修复，保证复制的精确性。
4. 出现错配修复缺陷（deficient mismatch repair，dMMR），DNA修复能力下降或缺失，个体自发突变率将明显增加。
5. 最终，导致MSI不稳定性，造成细胞增殖分化异常和肿瘤的发生，比如Lynch（林奇）综合症，这是一种可遗传的大肠癌。
   参考：只为解析：微卫星不稳定---MSI
   msisensor计算msi2020-05-11-MSI算法-msisensor计算原理

方法介绍

基于一般统计模型的MSI检测方法

1. 基于Indel的MSI检测方法
2. MSIsensor（推荐使用）
3. MANTIS

基于机器学习模型的MSI检测方法

1. MSIseq
2. MOSAIC

EDB-MSI新算法检测肿瘤MSI状态具有更高准确性

参考：【转载】【MSI学习笔记】

Figure Ya59

#设置x，y軸的最大最小位置
xmin <- -10
xmax <- 10
ymin <- 0
ymax <- 6

原文有用公式去做，但是公式有时候显示出来的不是足够差异表达的基因，有些是-logFC=0.4，画出来一些都是不咋显著的基因

> xmin <- (range(x$logFC)[1]- (range(x$logFC)[1]+ 10))
Error in range(x$logFC)[1] + 10 : non-numeric argument to binary operator
> class(x$logFC)
[1] "character"
> range(x$logFC)[1]
[1] "-0.000108058"
> range(x$logFC)[1]+10
Error in range(x$logFC)[1] + 10 : non-numeric argument to binary operator

必须要转化为数值形式
注意：必须提前在excel里面把缺失值全部除去，pvalue和logFC的缺失值都除去。