泛癌多基因分析（生信自学网）

02准备

1. Perl处理文本内容强大；用R画图
2. R路径千万不要有英文和空格

03数据下载

1. 推荐使用UCSC Xena下载
2. GDC TCGA数据下载，基因表达选择FPKM，临床数据和生存数据
3. 表达数据可以下载表达矩阵
4. 所有肿瘤都是下载这三个数据
5. 免疫亚型数据
6. 干细胞打分数据
   TCGA有两套数据，GDC与官网最接近（转录组，临床，生存在这儿下载），下面的TCGA才有样品的免疫亚型与干细胞打分（pan-cancer,Immune Model,下载表格；干细胞指数，DNA甲基化与RNA数据的两个表格）

04id转换

1. 表达数据id转换
2. ensemble id转化为基因名称
3. 其他盘运行Perl脚本先进入磁盘，运行完一个就会出现一个文本文件

05提取目标基因

1. 把目标基因名称放进去得到基因列表
2. 输入文件为symbol.txt

06泛癌基因表达水平

绘制箱线图，查看泛癌肿瘤样品当中的基因表达水平

07泛癌差异分析

基因在哪些肿瘤里面是具有差异的

08泛癌差异分析热图

1. 横坐标基因，纵坐标肿瘤
2. 输入文件为泛癌基因表达文件
3. 对肿瘤进行循环

4. 检验方法是wilcox检验，非参检验

   
   热图

13免疫亚型分析

1. 表达输入文件
2. 免疫分型文件

16肿瘤干细胞相关性RNAss

1. 基于表达数据计算的干细胞相关性打分
2. 相关性图形不一样的，这个是以小球的蓝色和红色为标准的
3. 打分越高说明干细胞含量越多，肿瘤分化程度越低

17肿瘤干细胞相关性DNAss

1. 基于甲基化数据得到的干细胞指数
2. 依旧是多基因的和肿瘤的