走过20万字，讲讲2019单细胞转录组数据分析进展

今天在上夜班的路上有人问我对2019年单细胞数据分析有何感受，卑微小王倚马可待地列了几条：

关于2019年数据分析的几点感悟吧。

• 总体来看，今年的单细胞火在方法类文章方面。
• 分析平台主要还是10X，而且10X也展现了其高效的研(shou)发(gou)能力。
• 分析工具cellranger ，seurat，monocle日渐成熟，也成为基本分析的标配。
• 新的QC工具、拟时工具，分群工具层出不穷，机器学习应用越来越广泛。
• 细胞定义（类型鉴定）工具是开发最热的，算法与手动定义相结合成为一般过程。
• 单细胞结构分析，如CNV等算法也被开发出来，或者升级
• 多样本整合分析有了相对成熟的方法
• 很多课题组开始配单细胞方面的人才和计算资源
• 单细胞学术团体基本成熟
• 植物单细胞转录组陆续展开
• 临床应用市场初现端倪

展望

• 实验以及数据分析流程会达成新层次的共识，标准化会越来越高
• 由于同质性高，科技服务这块价格战会更加激烈
• 数据分析走云平台，数据呈现走数据库
• 数据挖掘走向更大数据的维度，会有更多单细胞数据库，纯数据挖掘会成为新的分析点。
• 单细胞多组学已然成为新的趋势
• 发育方向，许多物种可供研究，模式生物、稀有物种、五谷六畜。。。
• 临床方向会更加走机理层面，简单的异质性已经不能满足需求。
• 随着方法的成熟与沉淀，临床应用的周期不会慢于上一代NGS产品

我们该怎么办？

不管技术如何变迁，牢牢抓住生物学现象，要面对真正的问题，而不仅仅是它呈现的那样。

谁敢横刀立马，唯我彭大将军。