如何快速了解新接触的质粒(二)

前面我们讲了拿到一个质粒后对它做快速的基本了解，接下来重点部分就是如何快速阅读质粒图谱。

                                                质粒的命名

拿到一个质粒，第一眼看到的肯定是它的名字，那质粒是怎么命名的？

    最初发现的质粒均有研究者根据其表型，大小特征命名，如F因子(fertility factor，致育因子)，R质粒(resistance factor)等。后来提出了一个比较规范的命名规则。

质粒命名规则

1. 第一个字母一律用小写p表示

2. 后面两个字母应该大写，可以采用发现者人名，实验室名称，表型形状或其他特征的英文缩写

例如：UC----University of California

BR----Bolivar and Rodrigue

3 编号为阿拉伯数字，用于区分同一类型的质粒

后续比较复杂的质粒命名都是对Vector base质粒按照自身需求改造后进行重新命名。

如下图的质粒

pLV-puro-N-Flag-Snrnp40

pLV+抗性puro基因+N端FLG标签+插入基因snrnp40

基本上复杂命名的组成为p(骨架载体)+启动子/标签+(物种缩写)插入基因+筛选标签+抗性基因+过表达/敲除

下面是常见的骨架载体缩写：

RP: Regular plasmid，常规质粒载体

LV: Lentivirus，慢病毒载体

MMLV: MMLV retrovirus，MMLV逆转录病毒载体

AV: Adenovirus，腺病毒载体

AAV: Adeno-associated virus，腺相关病毒载体

Tol2: Tol2 transposon，Tol2转座子

ET, BAD or CS：各种细菌蛋白表达载体

SC: Saccharomyces cerevisiae，酿酒酵母蛋白表达载体

BV: Baculovirus，昆虫杆状病毒蛋白表达载体

插入基因物种人(human),小鼠(mouse),大鼠(rat)分别对应缩写字 母“h”、“m”、“r”以及其他的一些物种等，都是类似的

    经过上面的介绍，大部分质粒你拿到之后就能对其想表达的组成有个大概的了解，下面就是质粒图谱的介绍

质粒的寄主范围是由ori区决定的

                                                       复制起点

    复制起点(ori)：控制复制的起始位点，是基因组上复制起始的一段序列，是由起始复制子(复制子：在质粒DNA中能进行自主复制并维持正常拷贝数的一段最小的DNA序列。)及其调控元件组成。ori富含A-T，氢键少，便于打开进行复制。

复制起点影响着质粒的拷贝数，尤其是复制子的类型决定复制质粒拷贝数。所以复制起点与前面讲的严紧型和松弛型质粒有密切的联系。常见的复制子有pMB1 ，ColE1等(具体的其他可以自行在addgenen上进行了解，顺便帮助自己熟悉addgene这个很重要的网站：http://www.addgene.org/)。如下图的pUC系列和pBRR系列都是pMB1复制子，但是质粒图谱上是看不出来的，基本上做个了解即可，自己做到心里有数质粒是什么类型的，拷贝数多少，防止质粒浓度达不到要求。

    复制起点还有一个比较重要的点就是穿梭质粒。一个质粒上有两个复制起点，为了使质粒可以在不同类型宿主中存活和复制。上面的都是一个ori复制点，下面的一个质粒有两个ori复制起点，需要仔细找才能发现另外一个。

一个比较明显是ori，有的图谱上会标ori(-)表示革兰氏阴性菌；还有一个圈住的也是一个复制起点，是能repF，金黄色葡萄菌中一种复制子。

最后一个小点是f1 ori 是控制质粒在f1噬菌体中复制的复制起点，形成ssDNA(single strain DNA 单链DNA)。

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