TCGA数据挖掘七：timeROC曲线

一般的ROC曲线是只考虑结局因素的，但是比如生存资料就有结局和时间两个因素，所以当涉及这两个因素时我们可以用timeROC的包来做分析（还可以用之前介绍的survivalROC包）

加载数据

rm(list=ls())
Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999) 
library(survival)
library(survminer)
load(file = 'Rdata/TCGA_KIRC_mut.Rdata')
load(file = 'Rdata/TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata')
group_list=ifelse(as.numeric(substr(colnames(expr),14,15)) < 10,'tumor','normal')

table(group_list)
load(file='Rdata/survival_input.Rdata')

head(phe)
exprSet[1:4,1:4]


# https://rpubs.com/xuefliang/153247 
# https://rpubs.com/kaz_yos/survival-auc
# https://cran.r-project.org/web/views/Survival.html

# 诊断试验中ROC曲线的绘制，一般金标准都是二分类变量，比如有病与无病。
# ROC曲线以假阳性率（1-speficicity）作为横坐标，以真阳性率（sensitivity）作为纵坐标。
# 曲线上的点代表不同临界点所对应的灵敏度和特异度对子。
# 通常将ROC曲线左上角那一点定为最佳临界点，此点的Youden指数（sensitivity-(1-specificity)）最大。
# 如果金标准是生存分析资料（生存时间overall survival time与生存状态 status）
# 需要通过R软件的survivalROC包来介绍生存资料的ROC分析，即时间依赖的ROC分析。

做lars回归

library(lars) 
library(glmnet) 
x=t(log2(exprSet+1))
y=phe$event 
cv_fit <- cv.glmnet(x=x, y=y, alpha = 1, nlambda = 1000) 
lasso.prob <- predict(cv_fit, newx=x , s=c(cv_fit$lambda.min,cv_fit$lambda.1se) )

new_dat=phe

画ROC曲线，判断之前lars回归计算的fp灵敏度和特异度

library(timeROC)
new_dat$fp=as.numeric(lasso.prob[,1])
with(new_dat,
     ROC <<- timeROC(T=time,#结局时间 
                     delta=event,#生存结局 
                     marker=fp,#预测变量 
                     cause=1,#阳性结局赋值，比如死亡与否
                     weighting="marginal",#权重计算方法，marginal是默认值，采用km计算删失分布
                     times=c(60,100),#时间点，选取5年(60个月)和8年生存率
                     ROC = TRUE,
                     iid = TRUE)
)
# 画roc曲线
plot(ROC,time=60,col = "blue",add =FALSE)
#time是时间点，col是线条颜色，add指是否添加在上一张图中

image.png

ROC$AUC
confint(ROC)
library(ROCR)
library(glmnet)
library(caret)
lasso.prob <- predict(cv_fit, newx=x, s=c(cv_fit$lambda.min,cv_fit$lambda.1se) )
re=cbind(phe$event ,lasso.prob)
# calculate probabilities for TPR/FPR for predictions
pred <- prediction(re[,2], re[,1])
perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
performance(pred,"auc") # shows calculated AUC for model
plot(perf,colorize=FALSE, col="black") # plot ROC curve
lines(c(0,1),c(0,1),col = "gray", lty = 4 )

image.png

最后

感谢jimmy的生信技能树团队！

感谢导师岑洪老师！

感谢健明、孙小洁，慧美等生信技能树团队的老师一路以来的指导和鼓励！

文中代码来自生信技能树jimmy老师!