deeptools intersect

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此记录完全是由一次不仔细阅读软件参数导致的踩坑记录

#需要的两个Bed格式文件

• A.bed B.bed

$ cat A.bed 
chr1    10  20
chr1    30  40

$ cat B.bed 
chr1    15  21
chr1    17  25

#bedtools intersect 默认工作模式

• 返回具有overlap的一对region的overlap 区域

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed
chr1    15  20
chr1    17  20

#bedtools intersect -wa

bedtools intersect -wa 竟然会保留chr1 10 20两次, 这是因为chr1 10 20 与 B.bed中两个区域都存在overlap；但其实，这并不是我想要的结果，保留一次足以。

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa
chr1    10  20
chr1    10  20

使用linux命令过滤一下重复region

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa | sort | uniq 
chr1    10  20

后面我又去阅读了一下bedtools intersect参数，竟然有个参数可以解决这个问题-u

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa -u
chr1    10  20

参考：

bedtools intersect