KEGG pathway 数据库

pathway 建立在ko 数据库的基础上，基于我们对生命活动中的分子相互作用和化学物质的反应的认识，构建了复杂的调控网络，采用通路图的形式，进行展示。

通路图中融合了ko, module, compound, reaction，disease, drug 等 数据库中的信息，所以必须先理解了上面的几个数据库，才能对pathway 有一个更直观的认识。

在pathway 数据库中，每条pathway 的标识符由2-4个字母的前缀加上5个数字构成，共有5种不同的前缀：

1. map

2. ko

3. ec

4. rn

5. org

5种前缀其实都是同一张通路图，只不过高亮显示的内容不同。
比如00020, 代表TCA 循环的通路

map 代表reference pathway，map00020 如下

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ko 是在reference pathway 的基础上，将所有的ko用蓝色高亮显示
ec 是在reference pathway 的基础上，将酶编号高亮显示
rn 是在reference pathway 的基础上，将reaction 高亮显示
在kegg 中，ko/ec/rn 是相互关联的概念，所有3者都采用了同样的高亮方式，用蓝色进行高亮

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org 代表的是organisam 数据库中物种的代码，比如human 对应的是hsa , hsa00020 对应的通路图如下

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由于KO是跨物种的概念，所以每个pathway 会对应有多个物种。

从human的通路图中，我们也可以看出来，只有部分方框用绿色高亮显示。这部分绿色高亮像是的其实就是在该物种的基因对应的ko；

其实在每条记录的页面有下拉菜单，可以方面的查看同一张通路在map , ko, ec, rn , org 的不同版本

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=obr&mapno=00020&mapscale=&show_description=show

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pathway 通路图包含了非常多的信息，我们想要看懂一张通路图，必须理解图中的元素都代表什么东西。在通路图中，官方提供的图例如下：

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结合hsa00020 来理解一下，在一张通路图中，有三种基本对象：

1. 矩形代表KO

2. 圆角矩形代表的是另外的通路图

3. 圆形代表的是化学物质

箭头代表他们之间的相互作用关系，对于蛋白互作，基因表达模式的关联，酶的相互作用，在箭头上又有不同的修饰符来表示不同的类型。

通路图中主要包含了以下两种关系：

1. 基因之间的相互作用关系，现在有一种分析叫做通路图重构，其实就是从中提取出基因的相互作用网络，会重构通路图，然后基于该互作网络进一步挖掘信息；

2. 通路之间的相互关系，对应的有分析通路间的相互关系网络，从而筛选出核心的通路；

pathway的分类信息在brite 数据库种的链接为

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08901.keg

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从图中可以看到，pathway 数据库种包含了7大类别，我们常说的代谢通路只是我们用的最多，最大的一类。

总结

1. pathway 数据库中的每条记录有 map, ko, ec, rn, org 5种前缀，map 是reference pathway , ko/ec/rn 分别将 ko , ec, rn 在 reference pathway 中用蓝色高亮显示；org 代表不同的物种，在reference pathway 中，将该物种的基因对应的ko 进行了绿色的高亮显示。
2. 在一张通路图中，矩形代表ko,圆角矩形代表两外一张通路；我们可以从pathway 中，挖掘出基因的相互作用网络和pathway的相互作用网络。