vcftool 计算pi、theta w、TajimaD

（1）划窗口计算pi、TajimaD

vcftools --vcf test.vcf  --window-pi 10000  --out result
vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD 10000  --out result

(2)awk 计算pi、theta w以及TajimaD

tail -n +2 result.windowed.pi | awk -F$'\t' -v popn=5 'BEGIN{for(z=1; z < 2*popn; ++z) w_p+=1/z;}{w=$4/w_p/($3-$2+1); a_w += w; a_pi += $5}END{print a_w/NR, a_pi/NR;}'  #前后数值分别为总体vcf的theta和pi，这里的popn参数是vcf文件中的样本个数

tail -n +2  result.windowed.TajimaD|awk '{sum+=5};END{print sum/NR}'  #统计总体vcf的TajimaD值

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