deeptools Installation

conda install -c bioconda deeptools

bamCoverage 转化为bw文件

samtools index -@ 24 accepted_hits.bam
bamCoverage -b accepted_hits.bam -o SRR2064456.bw -p 24

bam2bw
ref：bam2bw,上传ucsc可视化 - 简书 deeptools Installation conda in...
bam2bw,上传ucsc可视化
首先用tophat，hisat等比对软件生成BAM文件然后用deeptoos转化 deeptools Instal...
UCSC Cell Brower||单细胞数据交互式查询网站
推荐一个单细胞数据交互式可视化软件：Cell Browerhttp://cells.ucsc.edu/[http:...
得到一个物种所有基因的TSS区域的bed文件
首先在UCSC的table browser 里面下载下面这个文件：[图片上传失败...(image-303091-...
bedGraph使用注意事项
生成时，bam文件应该先排序按理说bedgraph已经生成，但上传带UCSC却不对在文件开头标注格式上传后 ...
bam格式转bigWig
当我们需要在UCSC browser中可视化的时候，将bam文件转化为bigwig文件会更加方便。而deeptoo...
UCSC Genome Browser 使用之本地数据上传CyV
最近尝试在线使用UCSC Genome Browser进行转录本的可视化，原以为它会和本地IGV的使用差不多，没想...
UCSC Genome Browser数据库
网址 https://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser： UCSC基因组...
UCSC-browser学习：创建自己的track hubs
在看paper的时候，经常会有这种图：这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的，我们可以将数据传...
HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用
欢迎关注”生信修炼手册”! HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用，参考UCSC基因组浏览器和juic...