导读

SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件，是目前引用量已经达到6200+，在宏基因组组装软件中引用量最高【其他组学不清楚了】。SPAdes不仅推出rnaSPAdes【转录组】、metaSPAdes【宏基因组】、plasmindSPAdes【质粒】，还推出了可以用于二代、三代测序数据混合组装的hybrid SPAdes功能。SPAdes虽然在速度、效率上比不过megahit，但SPAdes内部含校错功能，组装更加准确，也因此适合二代、三代混合组装。

官网：http://cab.spbu.ru/software/spades/

一、SPAdes相关的文章

【1】SPAdes

文章：SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing
杂志：J Comput Biol.
时间：2012
引用：6241+

【2】plasmidSPAdes

杂志：plasmidSPAdes: assembling plasmids from whole genome sequencing data
杂志：Bioinformatics
时间：2016

【3】hybridSPAdes

文章：hybridSPAdes: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads
杂志：Bioinformatics
时间：2016

【4】metaSPAdes

文章：metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler
杂志：Genome Res.
时间：2017

【5】rnaSPAdes

文章：rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data
杂志：Gigascience
时间：2019

二、下载、安装SPAdes

wget -c http://cab.spbu.ru/files/release3.14.0/SPAdes-3.14.0-Linux.tar.gz
# 下载目前最新版spades3.14.0
# 下载解压即可使用

meta rna plasmind都在里面了，hybrid在spades中使用混合组装参数即可【在下面了】

bin目录下的可执行文件

三、SPAdes混合组装二代、三代

在软件canu文章的补充材料中看到了SPAdes混合组装的方法。

软件：canu
文章：Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation
杂志：Genome Research
时间：2017
引用：1220+

illumina混合pacbio组装：

./spades.py -1 [illumina1.fq] -2 [illumina2.fq] --pacbio [pacbio.fa] -t 52 -m 400 -o hybrid_pacbio

illumina混合nanopore组装：

./spades.py -1 [illumina1.fq] -2 [illumina2.fq] --pacbio [ont.fasta] -t 52 -m 400 -o hybrid_nanopore

结果