window里的R与Rstudio数据分析会受限于笔记本电脑的有限内存。因此处理大数据时，需要在linux平台使用R。在linux里安装R包命令虽然一致，但过程会复杂很多，出错的概率也大大增加(泪~~)。 后来发现使用conda来安装R包可以解决大部分的报错问题，一起来学习吧~

1、前期准备

1.1 建立conda环境

• 参考之前的笔记：Linux的conda软件管家 - 简书 (jianshu.com)
• 在默认的base环境里即可~

1.2 安装mamba高效下载软件

• 诚然conda install命令是官方的安装软件使用方法，但比较慢。
• 这里推荐mamba软件进行后续的下载安装。

conda install -c conda-forge mamba

1.3 修改R包安装路径

vi .Rprofile
#复制粘贴下一行命令，根据自己的实际路径修改
.libPaths(c("/home/******/miniconda3/lib/R/library/"))
#保存退出

2、安装R包

• CRAN的R包：r-package；不区分大小写

mamba install -c r r-essentials r-base
mamba install -c r r-ggplot2

• Bioconductor的生信包：bioconductor-package；不区分大小写

mamba install -c r bioconductor-deseq2 bioconductor-edger

3、安装Rstudio

• 在conda里也可以安装自己的rstudio，相关网页参见：https://anaconda.org/r/rstudio

• 经过实践尝试之后，发现最新只提供到1.1.456的Rstudio版本（目前已经更新到1.4版本了），与之对应的就只能使用3.6的R

  
  image.png
• 根据几天的安装失败经验，我目前的安装方法是

#单独创建一个rstudio环境
conda activate rstudio
#这一步会默认安装最新版的R(>4.0)
mamba install -c r r-essentials r-base
#首先会默认安装1.0版本的rstudio，会自动把r降到3.2的版本
conda install -c r rstudio
#然后再指定升级rstudio至1.1.456版本，会自动把r升到3.6的版本
conda install -c r rstudio=1.1.456
#启动rstudio界面
rstudio

安装rstudio时并没有使用mamba安装，因为失败了。使用conda安装，也需要等待较长时间，甚至多试几次。但最终还是可以滴。