筛选原则
建立一个科学、合理、可行、可比、简洁易懂、实用通用的城市水环境系统评价指标体系，应确定评价对象、评价目标，随后组织评价专家组进行评价指标体系的确定。首先明确该评价体系构建的基本原则，城市水环境综合评价和其他环境质量评价一样应坚持“水环境可持续发展”的理念。城市水环境评价除满足评价体系的一般要求[17]外，还应该遵循以下原则：
① 全面性原则。评价城市水环境系统的指标必须反映与之相关的水环境质量、社会、人口、经济、管理乃至水环境生态等各个方面，应尽可能“面面俱到”，又要尽量简洁精准。
② 科学性原则。整个城市水环境系统评价指标体系从要素构成到整体结构，从各个单项指标的计算内容到计算方法都应当科学、合理、准确。
③ 层次性原则。城市水环境综合评价指标体系层次结构的构建，可以作为下一步要素及低一级层次分析的前提基础。
④ 目的性原则。城市水环境系统综合评价的目的应当贯穿于整个评价体系构建的始终。
⑤ 可比性原则。评价体系的对象和结论应当尽量满足公平可比。
⑥ 与评价方法一致的原则。不同的评价方法对指标体系的要求存在差别，评价方法的选择十分重要。
评价指标的筛选
从已有的城市水环境及其相关领域的评价实例可见，评价结论往往会直接受到评价指标筛选的影响。筛选的指标过多会导致重复性，过少又会缺乏代表性。
因此，如何全面而又避免过多重复干扰地选取合适的指标集非常重要。
目前已有的一些研究成果表明评价指标的筛选，必须遵循灵敏性原则、独立性原则、协调性原则、系统性原则和实用性原则等，但对于如何在筛选指标时贯彻这些指标，目前尚无公认的、整体性的具体方法。总的来说选取评价指标应遵循的一般原则如下：
① 目的明确。所选用的指标能科学确实地反映评价对象及评价内容。
② 比较全面且具代表性。选取的指标尽可能覆盖评价的内容，如果有所遗漏，评价就可能出现偏差。虽然无法做到完全的全面，但仍需尽量满足。代表性即所选指标能反映评价内容，并尽可能地予以集中体现。
③ 可操作性。综合评价在一定意义下是需要可直接观察、监测的指标去推断不可观察、监测的性能，因而筛选的合适指标需要能且较易获得数据、切实可行，最好存在标准值或期望值，具有可操作性。
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