基于DEAP库的Python进化算法从入门到入土 --（四）遗传

作者: ChaoesLuol | 来源:发表于2019-05-28 17:31 被阅读1次

前言

前面一节我们尝试了用GA求解TSP问题，简单遗传算法总是不能很好收敛到一个较优的解，在用时和求解精度上都被贪心算法吊打。在末尾我们总结了三个可能的改进方向，这次我们想要沿着这三个方向试着改进简单遗传算法，以提升其性能。

精英保存策略

简介

在简单遗传算法中，我们总是用产生的育种后代族群完全取代父代族群。在真实的生物进化中，总是会有一部分后代由于不能适应环境而夭折，留下来的后代往往是相对来说更加优秀的个体。仿照这个原理，我们可以在SGA中加入自然选择，用精英保存策略(Eliteness preservation strategy)来筛选产生的育种后代并保留其中较为优秀的个体，这样可以使得算法更快收敛。

精英保存策略的步骤如下：

在选择育种后代时，选择出比原始族群数量更大的一个育种族群，即 $n_{offspring}>n_{pop}$ ；
对该育种族群进行变异操作 -- 交叉和突变；
对变异后的育种族群进行自然选择，只取其中 $n_{pop}$ 个个体以保持种群规模。

代码实现

为了获取更大的自由度，此处不再调用DEAP中内置的eaSimple函数，而是自行用注册的工具箱实现。代码如下：

def GA_improved(cities, nCities, npop = 100, cxpb = 0.5, mutpb = 0.2, ngen = 200):
    global cityDist
    ## 问题定义
    creator.create('FitnessMin', base.Fitness, weights=(-1.0,)) # 最小化问题
    creator.create('Individual', list, fitness=creator.FitnessMin)

    ## 定义个体编码
    toolbox = base.Toolbox()
    toolbox.register('indices', random.sample, range(nCities), nCities) # 创建序列
    toolbox.register('individual', tools.initIterate, creator.Individual, toolbox.indices)

    ## 生成族群
    toolbox.register('population', tools.initRepeat, list, toolbox.individual)
    pop = toolbox.population(npop)

    ## 注册所需工具
    cityDist = cityDistance(cities)
    toolbox.register('evaluate', routeDistance)
    toolbox.register('select', tools.selTournament, tournsize = 2)
    toolbox.register('mate', tools.cxOrdered)
    toolbox.register('mutate', tools.mutShuffleIndexes, indpb = 0.2)

    ## 数据记录
    stats = tools.Statistics(key=lambda ind: ind.fitness.values)
    stats.register('avg', np.mean)
    stats.register('min', np.min)
    logbook = tools.Logbook()
    logbook.header = ['gen', 'nevals'] + (stats.fields)

    ## 实现遗传算法
    # 评价族群
    invalid_ind = [ind for ind in pop if not ind.fitness.valid]
    fitnesses = toolbox.map(toolbox.evaluate, invalid_ind)
    for ind, fit in zip(invalid_ind, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit
    # 记录数据
    record = stats.compile(pop)
    logbook.record(gen=0, nevals=len(invalid_ind), **record)
    
    for gen in range(1, ngen+1): # 方便输出数据好看
        # 配种选择
        offspring = toolbox.select(pop, 2*npop)
        offspring = [toolbox.clone(_) for _ in offspring] #一定要复制，否则在交叉和突变这样的原位操作中，会改变所有select出来的同个体副本
        # 变异操作 - 交叉
        for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
            if random.random() < cxpb:
                toolbox.mate(child1, child2)
                del child1.fitness.values
                del child2.fitness.values
        # 变异操作 - 突变
        for mutant in offspring:
            if random.random() < mutpb:
                toolbox.mutate(mutant)
                del mutant.fitness.values
        # 评价当前没有fitness的个体，确保整个族群中的个体都有对应的适应度
        invalid_ind = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
        fitnesses = toolbox.map(toolbox.evaluate, invalid_ind)
        for ind, fit in zip(invalid_ind, fitnesses):
            ind.fitness.values = fit
        # 环境选择 - 保留精英
        pop = tools.selBest(offspring, npop, fit_attr='fitness') # 选择精英,保持种群规模
#         pop[:] = offspring
        # 记录数据
        record = stats.compile(pop)
        logbook.record(gen=gen, nevals=len(invalid_ind), **record)
    return pop, logbook

与上节相同，在随机生成的规模为30的TSP问题上进行测试：

nCities = 30
cities = genCity(nCities) # 随机生成nCities个城市坐标
resultPopGA_improved, logbookGA_improved = GA_improved(cities, nCities)
plt.plot(logbookGA_improved.select('min'), 'r-', label='Minimum Fitness')
plt.plot(logbookGA_improved.select('avg'), 'b-', label='Average Fitness')
plt.ylabel('Fitness')
plt.xlabel('# Iteration')
plt.legend(loc='best')
plt.tight_layout()
plt.title(f'GA with eliteness preservation strategy iterations, Problem size:{nCities}')

改进后的GA迭代过程如下：

GA_eliteness

相比于SGA的迭代过程：

SGA

可以看到在加入了精英保存策略之后，遗传算法的收敛速度大大加快了。

在规模为30的TSP问题上运行10次，族群规模100，迭代代数200，对比改进前后所得解的情况：

#	SGA	GA_Eliteness preservation
1	6035.558845495109	5470.286031491102
2	5292.642425419087	5068.347131947512
3	5805.933713727669	5817.778732730951
4	5767.204287839886	4815.938824190787
5	5270.255845888708	5543.729805228135
6	6137.969866274479	4887.10488671049
7	5300.2776396096715	4684.56020813833
8	5405.8737178780775	4790.2302076385295
9	6278.724906181772	5613.217834196187
10	6360.790872210711	5138.992421217108
summary	$5765.52321\pm405.67208$	$5183.01861\pm379.57487$

可以看到从统计意义上，用了精英保存策略之后，在同样代数下，遗传算法的寻优能力得到了提升。并且有4次计算结果已经接近或超过了nnTSP+2-OPT（参考上一节中的数据）。虽然与repNNTSP+2-OPT仍然有一定差距，但是已经获得了不小的提升。

结合局部搜索算法

遗传算法依靠较大的种群数和变异操作，能够在很大的空间内寻找最优解，它的一个重要优点时不需要问题的具体信息。但是正由于没有利用问题的具体信息，导致GA的局部搜索能力差，在解空间较大的优化问题中，往往需要“人海战术”，产生很大的族群来尝试寻找最优解。

在上一篇文章中我们已经知道2-OPT这种局部搜索方法能够通过uncross路径来改善解的质量，我们可以在变异操作之后，用2-OPT改善族群中的优秀个体，提高搜索效率。

代码实现如下：

def opt(route, k=2):
    # 用2-opt算法优化路径
    # 输入：cityDist -- [n,n]矩阵，记录了城市间的距离
    # route -- sequence，记录路径
    # 输出： 优化后的路径optimizedRoute及其路径长度
    nCities = len(route) # 城市数
    optimizedRoute = route # 最优路径
    minDistance = routeDistance(route) # 最优路径长度
    for i in range(1,nCities-2):
        for j in range(i+k, nCities):
            if j-i == 1:
                continue
            reversedRoute = route[:i]+route[i:j][::-1]+route[j:]# 翻转后的路径
            reversedRouteDist = routeDistance(reversedRoute)
            # 如果翻转后路径更优，则更新最优解
            if  reversedRouteDist < minDistance:
                minDistance = reversedRouteDist
                optimizedRoute = reversedRoute
    return optimizedRoute, minDistance

def GA_eliteness_2Opt(cities, nCities, npop = 100, cxpb = 0.5, mutpb = 0.2, ngen = 200):
    global cityDist
    ## 问题定义
    creator.create('FitnessMin', base.Fitness, weights=(-1.0,)) # 最小化问题
    creator.create('Individual', list, fitness=creator.FitnessMin)

    ## 定义个体编码
    toolbox = base.Toolbox()
    toolbox.register('indices', random.sample, range(nCities), nCities) # 创建序列
    toolbox.register('individual', tools.initIterate, creator.Individual, toolbox.indices)

    ## 生成族群
    toolbox.register('population', tools.initRepeat, list, toolbox.individual)
    pop = toolbox.population(npop)

    ## 注册所需工具
    cityDist = cityDistance(cities)
    toolbox.register('evaluate', routeDistance)
    toolbox.register('select', tools.selTournament, tournsize = 2)
    toolbox.register('mate', tools.cxOrdered)
    toolbox.register('mutate', tools.mutShuffleIndexes, indpb = 0.2)
    toolbox.register('localOpt', opt) # 注册2-Opt

    ## 数据记录
    stats = tools.Statistics(key=lambda ind: ind.fitness.values)
    stats.register('avg', np.mean)
    stats.register('min', np.min)
    logbook = tools.Logbook()
    logbook.header = ['gen', 'nevals'] + (stats.fields)

    ## 实现遗传算法
    # 评价族群
    invalid_ind = [ind for ind in pop if not ind.fitness.valid]
    fitnesses = toolbox.map(toolbox.evaluate, invalid_ind)
    for ind, fit in zip(invalid_ind, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit
    # 记录数据
    record = stats.compile(pop)
    logbook.record(gen=0, nevals=len(invalid_ind), **record)
    
    for gen in range(1, ngen+1): # 方便输出数据好看
        # 配种选择
        offspring = toolbox.select(pop, 2*npop)
        offspring = [toolbox.clone(_) for _ in offspring] #一定要复制，否则在交叉和突变这样的原位操作中，会改变所有select出来的同个体副本
        # 变异操作 - 交叉
        for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
            if random.random() < cxpb:
                toolbox.mate(child1, child2)
                del child1.fitness.values
                del child2.fitness.values
        # 变异操作 - 突变
        for mutant in offspring:
            if random.random() < mutpb:
                toolbox.mutate(mutant)
                del mutant.fitness.values
        # 评价当前没有fitness的个体，确保整个族群中的个体都有对应的适应度
        invalid_ind = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
        fitnesses = toolbox.map(toolbox.evaluate, invalid_ind)
        for ind, fit in zip(invalid_ind, fitnesses):
            ind.fitness.values = fit
        # 环境选择 - 保留精英
        pop = tools.selBest(offspring, npop, fit_attr='fitness') # 选择精英,保持种群规模
        
        # 对族群中的精英进行优化
        nOpt = int(npop/10)
        toBeOpt = tools.selBest(pop, nOpt)
        for ind in toBeOpt:
            ind[:], ind.fitness.values = toolbox.localOpt(ind)
#             print(ind.fitness.values)

        # 记录数据
        record = stats.compile(pop)
        logbook.record(gen=gen, nevals=len(invalid_ind), **record)
    return pop, logbook

训练过程如图：

GA_eliteness_2Opt

给出的最优路线：

最优路径为:[1, 29, 22, 3, 28, 19, 16, 2, 14, 7, 0, 15, 17, 8, 25, 27, 21, 20, 6, 12, 5, 26, 4, 9, 10, 23, 18, 24, 13, 11, 1]
最优路径距离为：(4400.1228564415105,)

tourGA_eliteness_2Opt_30cities_tour

可以看到，在加入局部搜索之后，获得的解质量大幅提升，已经超越了repNNTSP+2-OPT的水平，另外迭代收敛所需的代数也大大减小了。

超参数调参

遗传算法中的超参数及其一般取值

一般遗传算法中的超参数有：

参数	参数过小	参数过大	常用值
族群规模	搜索速度过慢，可能较难找到最优解	占用计算资源	50-100
迭代步数	在收敛之前就结束搜索	浪费计算资源	100-500
交叉概率	族群不能得到有效更新，寻优能力受限	可能破坏最优解	0.5-0.99
突变概率	容易陷入局部最优	可能破坏最优解	0.0001-0.2

通常来说这些超参数是通过经验和反复试错获得的，并且超参数的选择和问题的类型紧密相关。

除了这些一般超参数以外，各项操作--育种选择、变异和环境选择的方法选择也可以视为一些额外的超参数。

超参数寻优

迭代步数 -- 停止准则

GA的停止准则通常包含以下几种：

当适应度函数收敛到某个特定值：一般在对问题有深刻了解的情况下或者问题有特定约束时才能使用；
当最佳适应度在较长时间内不再改变：这是一个常用的准则，但是如果以此作为准则，有在局部最优提前结束的可能；
当族群没有进化潜力时：这也是较为普遍采用的准则，一般来说可以通过计算族群的variance来确定族群的多样性是否还能支持进一步进化。当variance小于某个值时，可以判定已经收敛。
当迭代步数达到预设值：这是为了防止计算时间无限拖延的一个安全设定。迭代步数达到预设值并不能保证遗传算法收敛到最优，因此通常只是作为一个最后保险。

此处采用第三种准则，当族群适应度的标准差小于 $1\times10^{-9}$ 时，结束计算。结果如下：

StoppingCriterion_probsize_100

可以看到对于规模为100的TSP问题，只用了不到100代就提前停止了计算。这就比迭代到200步再停止省下了一半多的计算时间。

Tour_StoppingCriterion_probsize_100

可以从获得的路线肉眼判定，它应该已经非常接近最优路径了。计算的提前结束并没有降低解的质量。

族群规模

各路论文中推荐的族群规模千差万别，从几十到几百，不一而足。这篇文章认为一种"rule of thumb"是将族群规模选定为问题维度的10倍。但是该规则并不能scalable的，如果面对一个规模300的TSP问题，难道将族群规模设置为3000？这显然是一个非常过剩的数字，并且有研究者认为单纯增加族群规模未必有用，参见这篇文章。

在笔者的尝试下，对于一个规模100的TSP问题，将族群规模从100提升到1000，计算时间增加了13倍，但是解的质量没有明显提升。下面列出单纯改变族群规模对计算的影响，TSP问题规模为100：

族群规模	迭代停止	最优路径长度	计算时间
50	106	7616.677	52.9 s
100	96	7522.976	1 min 35 s
200	84	7795.912	2 min 44 s
300	100	7738.037	4 min 44 s
1000	96	7319.198	13 min 47 s

考虑到用时和精度，100 应该是一个合理的取值。

变异概率 -- 自适应遗传算法

在通常的遗传算法中，交叉概率和突变概率是固定的值，与个体以及迭代过程都没有关系。在M.Srinivas 和 L .M. Patnaik 1994年的一篇文章 Adaptive probabilities of crossover and mutation in genetic algorithms中，他们提出了一些不同的思考：

不同适应度的个体不应该具有相同的交叉概率 $p_c$ 与突变概率 $p_m$ -- 对于优秀的个体，应当降低变异概率使其能最大限度保留；而对于不良个体，则应当增大变异概率，使其能脱出不良状态。
作为族群整体来说，在求解的前期需要较大变异概率以便将个体在解空间中扩散出去，帮助寻优；而在求解的后期则需要较小的变异概率，加速收敛。

在这样思想的指导下，他们设计了一套自适应的交叉概率 $p_c$ 与突变概率 $p_m$ 计算规则：
$p_c=k_1(f_{max}-f^\prime)/(f_{max}-\overline{f}),\qquad f^\prime\ge\overline{f} \\ p_c=k_3, \qquad f^\prime<\overline{f} \\ p_m=k_2(f_{max}-f)/(f_{max}-\overline{f}),\qquad f\ge\overline{f}\\ p_m = k_4, f>\overline{f}$
其中 $f^\prime$ 代表交叉操作中选择的两个个体中较大的适应度， $\overline{f}$ 代表族群适应度的平均值， $f_{max}$ 代表族群中最大的适应度。 $k_1,k_2,k_3,k_4$ 是常数。在这篇文章中，他们推荐的值为1.0， 0.5， 1.0， 0.5。

用这套参数实测结果如下：

AGAiterations_probsize_100

可以看到，由于突变概率过大，算法在这套参数下完全无法收敛。转而尝试论文Optimal reactive power dispatch using an adaptive genetic algorithm中设定的一套参数：0.85, 0.5, 1.0, 0.05。降低了突变概率之后使得能够正常收敛，但是迭代步数相比未使用适应性策略会普遍偏大：

AGAiterations_probsize_100_paramset2

Tour_AGA_probsize_100_paramset2

优化后的算法测试

多核运行

遗传算法由于其较大的计算量，对于大规模问题通常来说需要很长的计算时间，为了减少等待时间，这里采用多核计算。对于local parallelization，可以用python的multiprocessing模块或者concurrent.futures来实现；对于cluster parallelization，可以用SCOOP来实现。

import multiprocessing

nbCpu = multiprocessing.cpu_count()
pool = multiprocessing.Pool(processes = nbCpu) # 调用所有CPU
print('Conducting calculation with %d workers'%nbCpu)
toolbox.register('map', pool.map)
# ....#
pool.close() # 运行完毕后记得关闭计算池

注意通过以上方式DEAP只会对评价进行并行计算，而其他操作如交叉和突变仍然按常规执行。如果评价函数非常简单，那么并行计算并不会节约太多时间。

如果是用控制台跑单独的python file，需要将multiprocess放在main中，参考这里。

算法测试

在问题规模30,100的TSP问题中测试改进后的算法，以之前测试中表现较好的repNNTSP+2Opt作为参照：

问题规模30：

# Run	收敛代数	最优路径长度	用时
1	37	4247.60993	1.55 s
2	32	4294.63696	1.35 s
3	29	4269.27221	1.32 s
4	36	4190.33008	1.63 s
5	31	4190.33008	1.36 s
总结		$4238.43585\pm42.00462$
repNNTSP+2Opt		4479.93341	83.41 ms

问题规模100：

# Run	收敛代数	最优路径长度	用时
1	156	7533.05931	2 min 26 s
2	NA	7543.14155	3 min 12 s
3	144	7730.58752	2 min 19 s
4	170	7431.41310	2 min 41 s
5	159	7589.11515	2 min 27 s
总结		$7565.46333\pm97.30689$
repNNTSP+2Opt		8532.54589	353 ms

可以看到，我们改进之后的遗传算法能够在计算精度上远远超过之前的benchmark repNNTSP+2OPT，哪怕是最差的一次运算精度也较之更优。

但是当问题规模扩张到300以上时，计算用时非常之长，哪怕使用多核并行计算，一次运算也需要半小时以上。

小结

在本文中，我们从三个方面探索了GA的改进，使之在求解TSP时精度大幅提高：

精英保存策略能使GA收敛速度大大加快，但是也有早熟，使得算法陷入局部最优的风险；
结合局部搜索之后，GA从盲目搜索到能够利用问题的性质，解的质量得到大幅改善；
结合了自适应算法之后，GA脱出局部最优的能力增强，但是迭代收敛需要的步数也增加了。

在进行了这三方面改善之后，GA求解TSP的能力大幅提高，从上一节的被各种吊打，已经超越了benchmark repNNTSP+2opt。

在问题规模继续扩大到300以上时，当前很难在较短时间内完成计算，需要尝试将选择、突变、评价操作进行并行计算，提高计算速度。

基于DEAP库的Python进化算法从入门到入土 --（四）遗传

前言

精英保存策略

简介

代码实现

结合局部搜索算法

超参数调参

遗传算法中的超参数及其一般取值

超参数寻优

迭代步数 -- 停止准则

族群规模

变异概率 -- 自适应遗传算法

优化后的算法测试

多核运行

算法测试

小结

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