利用ascp由ftp.ncbi下载测序数据

作者: dming1024 | 来源:发表于2019-08-09 21:50 被阅读6次

    找数据

    首先在NCBI FTP网站上找到自己需要的数据
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/
    sra ==> sra-instant ==> reads ==> ByRun ==> sra ==> SRR ==> SRR620 ==> SRR620209 ==>SRR620209.sra

    获取下载地址

    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/SRR620209.sra

    ascp 私钥地址

    一般存在主目录下的.ascp 隐藏文件夹下,完整路径为 ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

    开始下载

    ascp -T -i ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/SRR620209.sra ./

    其中
    -T 非加密下载
    -i 密钥位置
    -k 下载方式(可断点续传)
    -l 下载限速200M

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