构建lncRNA对

输入文件

lncRNA TCGA.png

setwd("E:\\Master research")     #设置工作目录

#读取lncRNA表达文件
tcgaPair=data.frame()
rt=read.table("diffLncExp.txt", header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)
sampleNum=ncol(rt)
for(i in 1:(nrow(rt)-1)){
    for(j in (i+1):nrow(rt)){
        pair=ifelse(rt[i,]>rt[j,], 1, 0)
        pairRatio=sum(pair)/sampleNum
        if((pairRatio>0.2) & (pairRatio<0.8)){
            rownames(pair)=paste0(rownames(rt)[i],"|",rownames(rt)[j])
            tcgaPair=rbind(tcgaPair, pair)
        }
    }
}

tcgaOut=rbind(ID=colnames(tcgaPair), tcgaPair)
write.table(tcgaOut, file="lncrnaPair.txt", sep="\t", quote=F, col.names=F)

输出文件

lncRNA对.png