第一篇，无经验，有些仓促，后期再改进。希望能坚持。
什么是 Procrustes transformation analysis？
Procrustes这个词太不常见了，翻词典也没有概念到底是个啥意思。其实没啥意思，这个名字是依照一个希腊神话故事取的。据说一个古希腊开黑店的，光打劫不成，还非要把人按到一张特制的铁床，还必须长度匹配，否则身高过长的要被截断一部分，短的要被拉长... 哈哈言归正传，之所以取这个名字，是因为这个分析也有点儿这意思，它是通过分析计算将一个图形拉伸、扭转之后强行与另一个图形进行匹配。
应用
Wang et al. 一文章上一张图觉得很有意思，就找来了作图方法，目的是将PCA分析的前两个PC1/PC2投射到地图上，从而可以反映遗传距离和地理距离的相关性。
分析方法
目前发现有两个包可以做此分析，MCMCpack和VEGAN，利用各自的procrustes()功能。
其中，MCMCpack做此分析输出结果比较简单，并且直接获得了分析转化后的地理坐标，直接做图即可。
而VEGAN有自己的plot功能，还没有研究出如何将转化后的数据提取后用ggplot作图。VEGAN还可以利用protest()功能进行多次permutation检验得出P值。
参考
Wang, Chaolong, Sebastian Zöllner, and Noah A. Rosenberg. "A quantitative comparison of the similarity between genes and geography in worldwide human populations." PLoS Genet 8.8 (2012): e1002886.
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