有看到文章里分析几个叶绿体基因组SSR位点的，但是MISA+Primer3 直接批量跑的话，所有脚本、输入和输出文件全放在一个文件夹里（由misa脚本所制约），过于杂乱。想让其分开的话就不得不修改下脚本。本文提供下修改misa 脚本思路（最好还是先熟悉下misa脚本）。
没系统学习过perl，用词可能不准，大家领会精神即可。
下面开始胡说八道。
- 需要修改的脚本
misa.pl，p3_in.pl, p3out.pl
- 需要的知识点
- 知识点一：
$ARGV[0],$ARGV[1]等是perl脚本中顺序传参的变量，类似shell脚本中的$1,$2… , 只不过perl中式从0开始，作为传递参数的第一个变量。@ARGV在知识点二中表示数组@ARGV的物理大小。 - 知识点二：misa.pl脚本中
if (@ARGV == 0)
{
open (IN,"<$0");
while (<IN>) {if (/^\#\# (.*)/) {$message .= "$1\n"}};
close (IN);
die $message;
};
这部分代码意思就是：执行脚本，当参数数量为0时，将该脚本中以 两个# 开头的行作为错误信息（或者说时帮助信息）输出到标准输出。
- 知识点三：模块File::Basename
用其中的basename()函数 获取文件名，便于输出文件命名。
- 思路：针对三个知识点分别作出修改
-
关于知识点一：
-
misa.pl的misa.in配置文件指向路径写活；输出结果文件前加传参变量，加入一个用于结果路径的传参变量，将结果文件路径写活。最终该脚本需要传入三个参数。
运行示例：
perl ./misa/misa.pl ./misa/misa.ini ./fasta/seqs.fasta ./results/一般我们是将misa和misa.ini脚本放在一个文件夹下的，但是我不会在perl中写这一部分（获取当前将本路径），就只能单独作为变量了。
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p3_in.pl中实际需要的文件是seqs.fasta.misa文件和seqs.fasta文件，所以，在seqs.fasta位置处加入一个传参变量；输出结果文件前加入一个用于结果路径的传参变量。最终该脚本需要传入三个参数。
运行示例：
perl ./msia/p3_in.pl ./results/seqs.fasta.misa ./fasta/seqs.fasta ./results/-
p3_out.pl中修改类似p3_in.pl
运行示例：
perl p3_out.pl ./results/seqs.fasta.p3out ./results/seqs.fasta.misa ./results/另一种改法：如果是将所有结果放到一个文件中，其实可以将上面的参数精简为2个，一个是结果路径
./results/，一个是序列名称seqs.fasta，但是个人感觉这样有点乱，不能从参数中直观获取所需要的输入文件，也就没这么改。 -
-
关于知识点二：
p3_in.pl和p3_out.pl中并不自带帮助信息。通过知识点一的修改，路径就有些乱了，所以利用知识点二给两个脚本添加帮助信息。- 将需要作为帮助信息的内容以
##作为一行的开头，后面添加帮助信息内容即可。 - 经过知识点一中的修改，
misa.plp3_in.pl和p3_out.pl都带有了三个参数，所以可以将知识点二中的命令稍作修改。如果传入参数不是3个，打印帮助信息。
- 将需要作为帮助信息的内容以
if (@ARGV != 3)
{
open (IN,"<$0");
while (<IN>) {if (/^\#\# (.*)/) {$message .= "$1\n"}};
close (IN);
die $message;
};
脚本内，我们只限定了3个参数数量，并没有检查文件或者文件夹是否存在。这部分检查可以放到shell批量脚本中进行。
- 关于知识点三：主要是将带有路径的文件参数，去掉路径，获取文件名。
以p3_in.pl 为例，修改后其第一个参数$ARGV[0] 为 ./results/seqs.fasta.misa
原脚本中：
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open misa.pl results file (*.misa) !\n\n");
my $filename = $ARGV[0];
$filename =~ s/\.misa//;
将上面内容修改为：
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open misa.pl results file (*.misa) !\n\n");
use File::Basename;
my $filename = $ARGV[0]; #此时$filename=./results/seqs.fasta.misa
$filename=basename("$ARGV[0]") #此时$filename=seqs.fasta.misa
$filename =~ s/\.misa//; #此时$filename=seqs.fasta
此时便获取了$filename 便于命名结果文件。
为了使代码更简洁，可以合并第3，4行，修改为：
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open misa.pl results file (*.misa) !\n\n");
use File::Basename;
my $filename = basename("$ARGV[0]"); #此时$filename=seqs.fasta.misa
$filename =~ s/\.misa//;
然后模仿着再修改misa.pl 和p3_out.pl 。
如果你不想按知识点三内容修改，可以按照知识点一修改，不过要传入更多的变量用于输出文件，但这无疑会增加shell脚本的出错率。
- 小结
顺序传参、增加的传参变量都增加了shell脚本出错率，如果不是自己修改，可能还是觉得有些乱的。梳理脚本后可以写好批量运行的shell脚本，减少修改参数，使其不那么凌乱。但不管怎么说，修改后的文件，批量运行后可以将
输入文件、脚本和结果文件分开了。后期还可以加入长选项用于指定参数。
下一篇内容将更新搭配这次修改的shell脚本，只需要修改如下几个参数就可以完成一次任务。脚本还可以支持断点接续。批量模式只需要将$FASTA作为shell脚本的$1即可批量运行。
##path of programe
MISA_PATH=./misa
PRIMER3_CORE=primer3_core
##input file
FASTA=./fasta/test.fa
##output path
RESULT_PATH=./results
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