今天小编分享一篇思路既简单又清晰的纯生信+PCR的文章,文章发表在Cancer Cell International上,这本期刊的影响因子:4.175,中科院最新分区:3区,属于OA期刊,需要版面费,从投稿到接收大约需要122天,不在中科院发布的国际预警期刊名单上。这篇文章的图表都是比较普通的,唯一的亮点就是补了一个PCR验证表达量,也算是有点实验验证的文章,这个比完全纯的生信数据挖掘会好发一点。参考文章:Identification of four genes and biological characteristics of esophageal squamous cell carcinoma by integrated bioinformatics analysis
文章具体分析思路如下:
1、作者从GEO数据库下载了6套数据,然后进行整合分析,使用limma进行差异分析,一共得到几百个差异基因
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2、将得到的差异基因进行GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析
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3、在网络中筛选hub基因,一共得到四个hub基因,并且使用GEPIA数据库对这四个hub基因进行生存分析
4、使用GEPIA数据库和Oncomine数据库进行验证这四个hub基因的表达量
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5、使用qRT-PCR验证这四个hub基因的表达量
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总的来说,有实验的生信会比完全纯的生信好发,哪怕你只补上一个简单的PCR验证。这样的实验不需要你有国自然基金资助,你只需要一个市级课题或者校级课题的基金资助即可,或者是自己自费完成都不成问题。当然如果你不想补PCR ,没有任何经费的话也不想自费的话,可以使用TCGA数据库的数据进行验证相关hub基因的表达量并且可以构建模型等内容加深文章的深度。
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