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NCBI查询物种所在分支进化树

NCBI查询物种所在分支进化树

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2023-01-18 22:56 被阅读0次

进化树:进化树在生物学中,用来表示物种之间的进化关系。
生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。
在进化树上每个 叶子结点 代表一个物种,如果每一条边都被赋予一个适当的 权值 ,那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。
Lifemap是隶属于NCBI(National Center of Biotechnology Information)的物种进化树信息检索在线网站。它可以交互式的探索NCBI Taxonomy数据库的所有物种进化分类信息。

Lifemap物种分类树的每个节点都是可以点击的(可以进行交互的),当你点击某个节点时它会展示各种信息和选项:
(1)物种名称(以及相关的通用名称,如果有的话)
(2)物种分类排序(kingdom, family, class, species...)
(3)能够转到NCBI网站上的相应节点/种类(在新窗口中显示)
(4)可以获取从当前节点/尖端(进化树末端)到树根的整个进化谱系
Lifemap网站由在法国里昂的生物特征和进化生物学实验室(LBBE)工作的研究员Damien M. de Vienne(网页)撰写。Lifemap网站界面美观,大方,简约,颜值非常高。当前树包含NCBI分类法中存在的所有物种

比如你要研究的物种是水稻,就可以打开左侧的搜索功能,输入rice,点击add按钮。


Oryza sativa就是我们常说的亚洲栽培稻(包括籼稻、粳稻、aus等亚种),蓝色外面的如Oryza rufipogon则是代表的是是普通野生稻,Oryza longistaminata则代表的是长雄野生稻。

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