Cell | 非工业地区人体微生物组水平基因转移提高

文献信息
标题：Elevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome
中文：非工业地区人体微生物组水平基因转移提高
杂志：CELL
时间：2021.4.15
单位：剑桥麻省理工

摘要
工业化已经影响了人类肠道生态系统，导致微生物组组成和多样性发生了变化。 细菌基因组是否也可以适应其宿主种群的工业化仍需大量研究。 在这里，我们调查了水平基因转移（HGT）的速率和目标在跨越15种人口的数千种细菌菌株中的程度，这些细菌跨越了一系列工业化领域。 我们显示HGTs在最近的宿主世代中已在微生物组中积累，并且HGT在个体内以高频率发生。 人口之间的比较表明，工业化的生活方式与较高的HGT率有关，并且HGT的功能与宿主工业化水平有关。 我们的结果表明，肠道细菌会根据宿主的生活方式不断获得新功能，而高水平的HGT可能是人类历史上与工业化相关的最新进展。

1 组装人类肠道细菌分离基因组的地理，系统发育和生态多样化的集合

2 最近人类肠道细菌参与频繁的HGT

3 HGT在个体间的肠道微生物组中迅速积累

4 工业化地区肠道HGT频率更高

5 高丰度菌，格兰阴性菌与高HGT有关

6 转移基因功能与生活方式有关

方法

在R语言中进行局部多项式回归拟合（LOESS）
局部加权回归LOESS
R统计(6) ---Permutation Test（置换检验）