两种方法都可以从vcf文件里面提取等位基因频率
方法1.直接从用vcftools提取info列的AF信息，这个要注意，在原vcf文件提取的部分vcf文件时，info的信息没有改动，实则提取的时原vcf文件的info中的信息，所以这需要第二种方法。
vcftools --vcf ***.vcf --get-INFO AF 输出文件是out.info
方法2.用--freq来直接计算当前vcf文件的等位基因频率
vcftools --vcf ***.vcf --freq 输出文件是out.frq
两种方法都可以从vcf文件里面提取等位基因频率
方法1.直接从用vcftools提取info列的AF信息，这个要注意，在原vcf文件提取的部分vcf文件时，info的信息没有改动，实则提取的时原vcf文件的info中的信息，所以这需要第二种方法。
vcftools --vcf ***.vcf --get-INFO AF 输出文件是out.info
方法2.用--freq来直接计算当前vcf文件的等位基因频率
vcftools --vcf ***.vcf --freq 输出文件是out.frq
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vcftools计算Fst VCFTOOLS官网[http://vcftools.sourceforge.net/...
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本文标题：2022-09-17 | 关于vcftools提取等位基因频率的
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/wbpeortx.html
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