10× Visium 空间转录组项目经验实例展示

技术背景介绍：

在生物体中，组织中的细胞并不是孤立的，细胞功能的行使会受到周围环境的影响，因此“空间位置”信息显得至关重要。10× Visium 空间转录组方案可以提供不同位置区域的基因活跃信息，实现组织切片中的基因表达谱的无偏检测。该技术为肿瘤生物学、肿瘤免疫微环境、发育生物学、神经科学和神经疾病以及转化医学领域的研究提供了强有力的技术手段。

样本准备：

10× Visium 空间转录组样本输入为 OCT 包埋的冷冻组织块。首先将新鲜组织周围液体成分清理干净，其次开始速冻或速冻包埋组织。组织块速冻方法大致分为2种：

1. 采用异戊烷液氮浴法（盛有异戊烷的容器浸没在液氮里预冷15 min）先速冻组织，然后在干冰上用 OCT 包埋，需要标记好包埋块对应的组织截面位置，定位后续切片的方向（图1）。

图1 异戊烷液氮浴法

1. 采用冷冻和包埋同时进行的方法（组织类型如易卷曲组织，脑组织，部分肿瘤组织等等），先将新鲜组织置于 OCT 中完全浸没，然后将包埋盒放在液氮-异戊烷中（未完全浸没）速冻，或者放在粉末状干冰上速冻，冷冻包埋同时进行（图2）。

图2 冷冻和包埋同时进行 图2 冷冻和包埋同时进行

10× Visium 空间转录组一体化服务模式

1. 样本质控 

1.1 目前接受的样本类型如下所示，但不限于此表：

1.2 样本质控标准主要包括两个方面：组织形态学检测和 RNA 完整性检测

（1）普通 H&E 染色，观察组织形态是否完整；

（2）提取 RNA，2100检测 RNA 完整性。

1.3 质控示例如下：

（1）HE 染色组织形态良好，示例如下：

（2）RNA RIN 值检测，RIN 值>7，示例如下:

2. 组织透化 

在基因表达文库构建之前，根据样本类型的不同，为了摸索组织的最佳透化时间，需要先进行组织透化实验，组织透化结果展示如下：

3. 文库构建 

不同类型样本，文库构建的需求是不一样的，我们会根据客户的需要切到满足客户需求的切面位置，进行贴片和下游文库构建，每次可完成4个样本的文库构建，文库构建结果展示如下：

4. 标准分析+个性化分析内容