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本文属于单基因生信+实验验证的思路。小编之前写过单基因实验验证的思路，里面提到了由浅入深的9各步骤，本文算是完成了前2步。
小编之前做的单基因泛癌分析最近不断有文章接收，普遍发到4-8分之间，由于保密的原因，我们自己做的一概不宣传。小编最近也筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的欢迎交流哦。
研究背景：
大约85%的肺癌可被归类为非小细胞肺癌(NSCLC)，其中25%-30%为鳞状细胞肺癌(SqCLC)。近年来，将免疫治疗特别是PD-1轴阻滞剂引入NSCLC的治疗，产生了显著的生存效益。然而，由于原发性和获得性耐药导致只有少数SqCLC患者获得了持续的益处。 ERAP2（内质网氨基肽酶2）位于5q15染色体上，属于M1氨基肽酶的催产素酶亚家族。ERAP2主要参与多肽的最终修剪，在免疫逃避性肿瘤中，ERAP2故障可以破坏肿瘤相关的抗原发作。以前的研究已经有强调ERAPs是增强T/NK细胞介导的恶性细胞免疫原性的潜在靶点。然而，ERAP2在SqCLC中的预后作用及其与免疫细胞浸润的关系尚不清楚。本研究利用公共数据库探讨了ERAP2在SqCLC中的预测价值和免疫相关作用。
结果解读：
ERAP2的生物信息学挖掘
1 我们使用GEO数据集GSE30219，将患者分为生存率高组和生存率低组。根据两组的结果获得11个DEG。其中，ERAP2在生存率较高的患者中表达上调（图1A）。
2 我们通过GEPIA2数据库分析了ERAP2在多种癌症及正常组织类型中的表达（图1B）
3 图1C的箱形图表示ERAP2在NSCLC中的表达。结果显示ERAP2在SqCLC中的表达低于正常组织，提示ERAP2的缺失可能参与了SqCLC的癌变。
4 图1D K-M曲线显示了在GEO数据集中通过ERAP2表达进行分层的SqCLC患者的总生存期。（红色代表ERAP2高表达组；绿色代表ERAP2低表达组）
5 图1E该曲线显示KM-Plotter数据集中ERAP2不同表达的SqCLC患者的生存曲线。
ERAP2在我们的队列中的预后作用
1、作者建立了独立的SqCLC队列以验证ERAP2对SqCLC预后的影响。队列的临床病理信息见表1。
2、使用IHC对收集的肿瘤样本构成的TMAs进行了ERAP2检测，染色结果如图2A所示。
3、 ERAP2的IHC评分中位数为1.375，以中位数评分为临界值，将样本分为ERAP2高表达亚组和低表达亚组（图2b）。
4、 显示ERAP2高表达亚组和低表达亚组之间没有明显的差异(图2C)。
5、 K-M曲线显示，在我们的队列中，ERAP2高表达患者的总生存期明显长于ERAP2低表达亚组(图2D)
6、 为了进一步探索SqCLC的预后标志物，对该队列进行单因素分析(图2E和表2)。然后，使用在单变量分析中被证明具有统计学意义的变量进行了多变量分析(图2F和表3)。ERAP2被鉴定为SqCLC的独立保护因子。
SqCLC患者的列线图构建
1.对队列中190名SqCLC患者建立预后谱图（图3）。在列线图中，ERAP2的表达是所有免疫标记物中的一个决定性参数。T期在临床病理因素中表现为非常有效的指标，T3代表100分。性别、肿瘤直径、PD-L1、CD68+巨噬细胞较其他指标相对较低。总分超过700可以预测1年生存率<为50%，2年生存率<为20%，3年生存率<为10%。
对ERAP2相关功能的探索
基于来自TCGA(图4A-C)和GEO(图4D-F)的SqCLC数据，我们分析了具有ERAP2表达水平的患者的信号通路富集。我们发现，ERAP2的高表达与几种免疫促进的生物学过程具有协同作用。在TCGA和GEO数据库中，高表达的ERAP2在自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路和T细胞受体信号通路中富集。
公共数据中ERAP2的免疫相关探索
1、使用TIMER进一步探讨ERAP2的表达与几种免疫标记物之间的相关性。在图5A中，显示了ERAP2与CD68、CD8A、CTLA4、FOXP3、CD274(PD-L1)和CD4之间的关联，其中ERAP2与这些标记正相关，表明ERAP2可能增强抗肿瘤免疫反应。
2、然后，作者展示了SqCLC样本中ERAP2表达与免疫细胞浸润水平之间的相互作用(图5B)。ERAP2的表达与浸润水平显著正相关
自有的研究队列中进行ERAP2的免疫相关探索
1、在自有的队列中评估了PD-L1、CD47、CD8和CD68的IHC表达水平（图6A）
2、对所有临床病理因素和分子标志物进行相关性分析发现，ERAP2的表达与CD8+TILs显著相关(图6B)。
3、 比较CD47和PD-L1的表达水平以及CD8+TILs的浸润密度和CD68+巨噬细胞(图6C)。三种免疫标志物在阳性ERAP2组的表达均显著高于阴性组，提示ERAP2可能在抗肿瘤免疫中发挥重要作用。ERAP2高表达组和低表达组中每个患者的代表性图像(图6D)。
4、此外，我们根据PD-L1的状态(10%TPS为截断值)、PD-L1/CD47共表达的状态，将我们队列中的所有患者分为阳性组和阴性组(共表达标准：PD-L1为1%，CD47为5%)和CD8+TILs的浸润密度（中位数为截止值）。我们比较了两组间ERAP2的表达水平(图6E)
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