多组学关联分析 -HALLA包 - linux 安装

• update at 2024.6.4

最近在搭建多组学的生信流程云平台，需要用到一些分析的软件包，有一些比较难安装， 比如 HALLA

安装要求

• python >= 3.7
• R-base >= 3.6.1

1. 直接conda安装， 失败 ！

conda install bioconda::halla
conda install biobakery::halla

2. pip 安装 ， 失败 ！！

pip install halla --no-binary :all:
pip install halla -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

3. pip 手动安装

1. 安装python依赖包

pip install numpy scipy scikit-learn matplotlib pandas seaborn statsmodels pyyaml tqdm rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

## 很遗憾， rpy2 没有装上
## conda 安装试一下
conda install conda-forge/label/broken::rpy2 -y

2. 安装R依赖包

install.packages("eva", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
install.packages("XICOR", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

3. 下载 halla包

git clone https://github.com/biobakery/halla.git  ## 下载失败 ！！！（可能是网络问题）
## 最后手动下载，上传到服务器
cp halla-master.zip ./halla-master.zip
unzip halla-master.zip

4. 解压，运行setup安装

cd halla-master
python setup.py install

pip install rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple