SPDEv2.0新增功能---批量计算GC含量，等电点，分子质量

作者: 许东 | 来源:发表于2021-08-08 18:01 被阅读0次

SPDEv2.0新增功能---批量计算GC含量，等电点，分子质量
python基础练习题-190114
2018-06-29（生信第7题目）
关于“化学计量在实验中的应用”的教学反思
全基因组CNV分析
2022-05-26计算指定滑窗内GC含量和计算指定滑窗内基
seqkit的安装（计算GC）
TBtools | 批量计算蛋白分子量、等电点、不稳定系数、脂
如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息
2021-10-08-如何批量打印

各位同学，从今天起，SPDE正式升级到第二个版本。该版本在功能上的主要创新在于作图，同时在文本处理方面也添加了一些必要的功能。整体而言，第二版的SPDE的分区如下图所示：

SPDEv2.0功能分区

GC含量的批量计算在Genes模块中

GC含量的计算

将fasta格式的序列文件放入①，在保存位置中填入路径和名字如②，然后点击按钮"GC content（1，8）"，即可完成对文件中序列GC含量的计算。

填入相应文件及保存位置

其他参数的计算与上述过程类似，但要注意的是输入的文件应该是蛋白质的fasta文件，因为后面这些例如等电点、消光系数、亲水性都属于蛋白的特性。具体来说，该功能能够计算的参数有：等电点、蛋白分子量、长度、消光系数、亲水性。不过请大家注意一个问题，有的时候蛋白序列里会出现一些未知字符，比如X（再比如一些翻译成蛋白后，终止子那个地方通常会用星号代替，这些不属于氨基酸的字符如果存在，spde是识别不了的，就会表现为闪退）,这个时候控制台会出现相应报错如下所示：