Binmap构想

bin是指分离群体中，没有发生重组的染色体区块

Binmap构建流程 文献中bin的长度和SNP的数量关系 三种不同类型的binmap在染色体上的分布

一般是在群体里采用binmap，单样本snp的012分型只有1（杂合），2（表示另一种等位基因）

###vcf文件过滤
vcftools \
--minDP 4 \
--maxDP 100 \
--minGQ  10 \
--minQ 30 \
--min-meanDP 3 \
--out meanDP3.miss0.5.maf0.01.vcf \
--gzvcf Pop.vcf.gz \
--recode --recode-INFO-all \
--max-missing 0.5 \
--maf 0.01


###vcf转012矩阵
vcftools --gzvcf Pop.vcf.gz --012 --out Pop.012

###矩阵转置
awk '{i=1;while(i <= NF){col[i]=col[i] $i " ";i=i+1}} END {i=1;while(i<=NF){print col[i];i=i+1}}' Pop.012 | sed 's/[ \t]*$//g' > genotype_transpose.txt

生成的矩阵文件，第一行是样本，其余行是位点snp信息，不要错误理解为一个snp就是一个bin

下面是构建binmap部分：

----实际操作就是通过滑窗统计和，比如20个snp一个滑窗，
等于0，即P1的基因型，
等于20，即P2的基因型；
杂合一般和在10左右

未完待续

参考：

微信公众平台 (qq.com)

Meng-Fan Qin, Lei-Ting Li, Jugpreet Singh, Man-Yi Sun, Bing Bai, Si-Wei Li, Jiang-Ping Ni, Jia-Ying Zhang, Xun Zhang, Wei-Lin Wei, Ming-Yue Zhang, Jia-Ming Li, Kai-Jie Qi, Shao-Ling Zhang, Awais Khan, Jun Wu, Construction of a high-density bin-map and identification of fruit quality-related quantitative trait loci and functional genes in pear, Horticulture Research, Volume 9, 2022, uhac141, https://doi.org/10.1093/hr/uhac141