LD衰减距离--haploview

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2018-07-25 23:27 被阅读1次

LD衰减距离--haploview
推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockS
2021-01-01-LD杂谈
绘制LD衰减图
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDde
连锁不平衡（LD）分析
HaploView使用-OutofMemory
无线信道特征
LD衰减图的理解与应用
02-04 光衰(光衰减)

可以使用haploview进行计算LD衰减值和画单倍型块图块，这个软件可以输入多种不同的文件格式：Linkage Format、Phased Haplotypes、HapMap Project Data Dumps、PHASE Format、Marker Information File、PLINK Format、Batch Load File。

wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar  #下载包是Java包，不用安装直接调用就可以了
wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Samples.zip  #下载练习文件
unzip Samples.zip  #解压缩
java -jar Haploview.jar -h  #查看帮助文档
java -jar Haploview.jar -n -q -log sample.log -pedfile sample.ped -info sample.info -skipcheck -blockoutput GAB -png -check -mendel -dprime -compressedpng  #运行程序

haplotype block

参考：
计算LD decay(LD衰减)
关联分析LD计算的问题
 重测序SCI标配——LD衰减图解读
 群体遗传分析—LD连锁不平衡
 ld衰减图制作工具

LD衰减距离--haploview
可以使用haploview进行计算LD衰减值和画单倍型块图块，这个软件可以输入多种不同的文件格式：Linkage ...
推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockS
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位...
2021-01-01-LD杂谈
在重测序发表的文章里面，一般最常见的图中包含以上的LD衰减图。通常可以查看LD的距离来指导后续的单体型图以及将来的...
绘制LD衰减图
之前使用popLDdeacy这个软件自动生成的图片不是特别好看，重新绘制了一下，记录一下。在使用LDdecay计...
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDde
关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原...
连锁不平衡（LD）分析
1.连锁不平衡（LD）概念连锁不平衡（LD）是指不同位点等位基因的非随机关联。LD 的衰减是受重组率和重组代数影...
HaploView使用-OutofMemory
之前给大家介绍过如何使用haploview软件进行单倍型分析及LD单倍型图形数据的导出。该软件在运行后可以输出位点...
无线信道特征
1 衰减 1.1 路径衰减一般发射机与接收机的距离在较大尺度上（数百米或者数千米），接收信号的功率衰减与传播距离...
LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不...
02-04 光衰(光衰减)
光衰(光衰减) 光衰，顾名思义就是光的衰减，指由于光与光源距离增加而导致的光线强度减弱。指光线随着与光源间距离增...