于是，万历皇帝发现，他根本斗不过这帮人。还有一件大事最能说明问题，这就是万历年间“争国本”，也就是选择继承人的问题。万历没有嫡长子，所以也就出现了可操作空间，到底立长子还是爱子呢？群臣当然搬出宗法制，支持立皇长子朱常洛，但皇帝并不喜欢这个孩子的母亲，更别说儿子了，万历偏爱郑贵妃，就想立郑贵妃的儿子朱常洵。就这样一件事，明神宗万历皇帝整整与群臣斗法达15年之久，最后还是输给这帮大臣，由是引起的党争问题，后果其实更为严重，不知道万历皇帝是否看到这一点。其实这也是万历皇帝性格软弱的一个表现，既然没有嫡长子，他完全可以强势立自己喜欢的儿子，而不与朝臣纠缠，以当初“倒张运动”的气势，结果可能也会好一些，毕竟这些文臣虽然爱名，却也不得不考量一下是否敢于冒着被摘乌纱帽甚至被梃杖的风险而与皇帝作对，而且还能遏制党争的发展和恶化。然而，万历毕竟是万历，他没有这么做。
妖书案
自己虽贵为天子，却终被群臣所制，于是在一件一件不如意的事情中，与大臣闹掰，也逐步对朝政失去兴趣，开始怠政。“躲进小楼成一统”，惹不起我总躲得起，朕就躲在后宫里面陪着我的爱妃郑贵妃吧，你们爱咋咋地，朕不跟你们玩了。正面打不过，万历皇帝就消极抗战。你们官员开缺了，我也不同意补人，你们想这样，我也不批，你们也别想见到我。这样却加剧了朝政的混乱。
当然，对于国家大事，他也不敢含糊，毕竟江山还是老朱家的，所以“万历三大征”--平定蒙古叛变的宁夏之役，抗击日本入侵朝鲜的朝鲜战争，以及平定苗疆吐司叛变的播州之役都能取得胜利。当然，这些胜利所需的物质基础，其实还是张居正改革时期留下的财富，否则真的是要不知所措了。当然，这三大征由于相隔太近，耗费巨大，也耗尽了明朝的国库。
党争的巨大隐患
再开放一些回答：万历真的权力没有被架空吗？从上面可以看出，至少皇权已被削弱，皇帝无法随心所欲。这是制度发展的使然，也是万历皇帝本身原因造成的。
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