做DNA测序,都是期望能找到一些Genetic variation,所有首先,我们先了解Genetic variation。
Genetic variation分成4中类型:
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单核苷酸失常SNV(P),单核苷酸失常又分成了两种,其中一种是snp,也就是单核苷酸多态性,是在人群中有的突变;另一种就是SNV,是单核苷酸突变,是在个体中发生的突变。
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短插入和缺失,即INDEL
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拷贝数变异,即CNV
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结构变异,即SV。其中一种是大片段的插入和缺失;另一种是倒位;另一种是易位。
1. SNV(P)
image野生型的碱基为T,突变成了A,那么这个位点就是一个SNV(P)
2. INDEL
imageINDEL,分为insertion和deletion。其中deletion如左图所示,某一个位置或者多个位置的碱基发生了删除。Insertion如右图所示,某个位置发生了一个或者多个碱基的插入。
3. CNV
即一段序列发生了整数倍的重复。
4. SV
image如在染色体上中间图的C发生了大段的删除,而右边图中的C发生了大片段的插入。
imageDeletion即为和参考基因组比删除了一段序列,而插入为和参考基因组比插入了一段序列,易位为两个序列发生了位置改变。
测序类型介绍
DNA测序大范围上又分WGS,即全基因组测序,和WES,即全外显子测序。
image全基因组测序,如图所示,会把整个基因组的碱基都测出来;而全外显子测序,即只测了基因组上的外显子区域,内含子和基因间都不进行测序。
WGS和WES,都各有优缺点。WGS,花费相对WES较贵,但可以测到整个基因组,可以进行这个基因组的分析;WES相对花费较低,可以测的深度更深,但在调控区域的突变都无法检测等。
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