RNA-seq学习笔记（一）

由于毕业设计原因，从头学起RNA-seq整个流程。防止遗忘，写一个学习笔记以供日后查阅。本文涉及知识和方法均搜集自互联网，并结合实际操作进行调整。

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RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA，smallRNA，and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。流程大致如下：

使用到的软件：sratoolkit工具集、

一、数据准备

1.样品序列（samples）

NCBI提供了SRA数据库存储二代测序数据。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

下载sra文件：

prefetch SRR7663112

转换成fastq格式

fastq-dump --gzip --split-3 -O ~/RNA-seq/samples -A SRR7663112.sra

其中，
--gzip参数指定用gizp压缩fastq文件，选用该参数可大幅缩小序列文件体积
--split-3参数指定为双端测序文件
-O参数指定输出目录，-A参数指定输入文件

2.参考基因组序列（genome）

3.注释文件（gene）

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（未完待续）