平定天下之后，如何治理天下成为首要的问题。秦始皇在思考，丞相和大臣也在思考，而且有过激烈的争论。丞相绾等人提出：“诸侯初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之。请立诸子，唯上幸许。”此言即说各诸侯国刚被击破灭掉，燕国、齐国、楚国这些地方偏僻遥远，若不在那里设王镇守，这些地方就没办法守住。请求皇帝立各皇子为王，希望皇帝恩准。这个想法有其传统的合理性的一面，因为母子连心、父子天性，在家天下的前提下，封子为王比较有利于天下的稳定。
但秦始皇不是糊涂人，更不是守旧平庸之人。他对如何使天下安定有自己的思考。对丞相王绾等人的建议不太满意，但又不能立即否定，他就把这个建议扔给大臣讨论。没想到这些不动脑筋或习惯于讨好皇帝的大臣，竟都认为丞相王绾等人的建议很好。此时有一个人看透了秦始皇的心思，他就是庭尉李斯。聪明的李斯提出一个相反的意见。他首先对周王朝处理这个问题的弊端进行了评论，说：“周文武所封子弟同姓甚众，然后属疏远，相攻击如仇雠，诸侯更相诛伐，周天子弗能禁止。”此言即说周文王、周武王分封了许多同姓子弟，但随着时间的流逝，他们之间的宗属关系越来越疏远；各封国相互攻击如同仇敌，诸侯之间更是相互诛杀讨伐，即使周天子也毫无办法予以禁止。
他接着说：“今海内赖陛下神灵一统，皆为郡县，诸子功臣以公赋税重赏赐之，甚足易制。天下无异意，则安宁之术也。置诸侯不便。”即说现在海内仰仗陛下的神威得到了统一，都设立了郡县；对各个皇子和功臣，可以用国家税收重赏他们，这种方法很容易控制他们及其所在的地方。天下人没有特殊想法和异议，这才是安定国家的根本之术啊。设立诸侯的办法不利于国家治理和统一啊！他的说法有些新意，但他想要天下人没有各自的想法、没有所谓异议，这实属难上加难。
秦始皇感觉李斯的说法对他一直思考的问题是一个可行的新答案。于是他肯定了李斯的建议，决定在全国实行郡县制。秦始皇把诸侯国的存在看作是天下征伐不已的重要根源之一。他说：“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉！廷尉议是。”此言即说天下征伐不止，天下人共同吃尽战乱之苦，其中重要原因就是诸侯王的存在。现在我们靠列祖列宗保佑，初定天下，却又要封立新的诸侯王，这是自己给自己树立致乱的敌手啊。还想求得天下安宁，那不是很难吗？廷尉说得对。就这样郡县制作为秦朝一项根本性的制度彻底确立起来。
其实郡县在卫鞅改革时，就在秦国实行了。但在秦始皇平定天下后是否作为根本性制度大力推行，这是对其政治智慧和胆略的考验。实践证明，废除分封制、推行郡县制是历史性的进步，对于形成中央集权大一统的国家有着极其重要的意义。我们今天实行的县级行政编制，其实源于秦朝。从这一点来讲，秦始皇并不是一个极其自私狭隘的人。
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