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Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和染色质

Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和染色质

作者: 六六_ryx | 来源:发表于2018-10-19 21:37 被阅读19次

    导读

    伴随着10X genomics最近推出的sc-ATACseq的protocol,ATAC-seq技术将会掀起一股新的研究热潮。尤其是ATAC-seq与其他技术的结合,再搭上单细胞的快车,很多科学问题借助这个新的研究方法也许会有新的发现,至少会涌现出一批paper。
    恰好看到群友推荐这篇methy-ATAC-seq的文章,可以同时检测甲基化与accessible chromatin,虽然目前还不是单细胞水平,不过还是值得一看。


    文献来源:bioRxiv: Oct. 17, 2018, doi: http://dx.doi.org/10.1101/445486

    问题的提出:

    分开检测染色质的可及性和甲基化然后再整合分析,不能准确保证数据的一致性。将两种方法整合在一起,一次性检测染色质的可及性以及该区域的甲基化。

    mATAC-seq方法

    • 甲基化寡核苷酸被加载到Tn5上产生新的转座子
    • 片段化
    • 甲基脱氧胞嘧啶三磷酸(5-MdCTP)在转位后的末端修复反应中取代DCTP
      这种修饰在mATAC-seq文库制备的最后步骤中保护Nextera adapter序列,这些序列是经过Tn5处理的染色质。
    Overview of mATAC-seq

    验证mATAC-seq与Omni-ATAC-seq和WGBS的一致性

    • DNA methylation detected by mATAC-seq replicates was highly reproducible at CpG Islands (r 2 =0.95) and peaks (r 2 =0.83)
    • methylation levels reported by mATAC-seq correlated well with levels reported by WGBS at CpG Islands (r 2 =0.86) and peaks (r 2 =0.68)
    Comparison of methods

    peak处的可及性和甲基化

    • 显著性peak区域的RPKM和甲基化变化,以及相关的motif
    • promotor区域的甲基化变化和可及性的比较
    • mRNA的变化与promotor区域的可及性变化

    可及性和甲基化的整合分析

    • 聚类
    • 模块内启动子处的基因表达变化
    • RPKM,methylation,H2A.Z,启动子、增强子、CTCF的谱图变化
    • 模块内的motif



    第11周 2018— 7.29-8.4

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