AgriGO是一款进行基因GO注释的在线软件,可快速且方便的对所需基因进行基因注释
直通车,戳这里
简单流程
以甜菜为例进行操作
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agriGO中点击species后,点击Beta vulgarisms
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直接输入基因名称即可
为了找到和GO term对应的ID,先找到PLAZA,进入网站。点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜,下载该ID对应的文件,进而可以确定甜菜基因组版本,并进行写脚本更换ID
- 结果下载并绘图
获得差异基因,可点击downlodw进行下载。
选取FDR<=0.05, p <0.05进行作图
library(ggplot2)
data <- read.table("Go_input.txt",header = T,sep = "\t")
attach(data)
dorder=factor(as.integer(row.names(data)),labels = data$Term) ###sorted by the Term,
p <- ggplot(data,aes(x=dorder,y=queryitem,fill=term_type))+geom_bar(stat = "identity",width = 0.8)+
xlab("") + ylab("Gene count") +theme_bw()+
scale_fill_discrete(name="GO_category",breaks=c("C","F","P"),labels=c("CC","MF","BP"))+ ##change the legend text
theme(panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),\
axis.text.y = element_text(size = 7),\
axis.text.x = element_text(face = "bold",angle = 70,\
vjust = 1,hjust = 1,size = 7))
结果如下
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