黄宗羲并没有停留在为父报仇的一举上，后来还亲自参加过反清战斗。面对浩荡南下的清军，他曾与两个弟弟一起毁弃家产，集合了家乡之地600余人组成义军，与其他反清武装一起战斗。黄宗羲还指挥过火攻营，兵败后，率残部500余人进入四名山，后又失败遭到通缉。直到南明政权亡，黄宗羲才转向著作和讲学。
黄宗羲的讲学活动从54岁一直延续到70岁，创建了赫赫有名的浙东学派。一反学术文化界流行的空谈学风，主张经世自用，培养出了一大批在经学，史学，文学以及天文，地理，六书九章等领域的大学者。
他的学说严厉批判君主专制体制，是天下唯一之大害主张以天下之法来代替。在70岁之后，他停止讲学，专门著书立说，他的著作多达1300多卷， 2000万字以上，如果叠在一起简直是一个庞大的著作林，很难想象这是由一个单独的生命完成的。
这么一位大学者引起了康熙皇帝的重视。康熙皇帝当然知道他曾经武装组织反清，还遭到通缉，但康熙皇帝毕竟是康熙皇帝，只看重他作为大学者的身份以及他背后的汉文化，完全不在乎他与朝廷武装对立的往事。康熙皇帝收集黄宗羲的著作，读得很认真，
黄宗羲作为中国文化的顶级代表，一直活到85岁高龄，这是罕见的长寿了。就在临时前四天，他给自己的孙女婿写了一段告别人世、迎接死亡的话，很有趣味。黄宗羲说：
总之，可以使了，
第一，年龄到了，可以死了，
第二，回顾一生，说不上什么大善，却也没有劣迹。因此，可以死了，
第三，面对前辈，当然还可以做点儿什么，却也没有任何抱歉。因此，可以死了，
第四，一生著作虽然不一定每本都会流传，却也不在任何古代名家之下，因此，可以死了，
有了这四个可以死了的理由，死，也就不苦了。
与他的著作可以一比的唯有两位司马，也就是司马迁和司马光。但是，黄宗羲对历史的横向断代分析和纵向专题分析都超越了他们。更何况他有两位司马未曾经历的历史变迁所带来的一系列重大思考。
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