自1978年十一届三中全会后开始改革以来，我国没有采取苏联和东欧激进式“休克疗法”改革方式，一次性把所有扭曲都消除；而是采取了渐进式的改革方式，从计划单轨到计划和市场双轨并存，再慢慢由双轨变成市场单轨。自1978以来，从打破“铁饭碗、大锅饭”，到利润留存制度、承包制，再到明晰产权、建立现代企业制度，中国在改革开放四十多年的时间里取得了举世瞩目的成就。但是，从1978年的改革开放开始到现在，中国经济依然没有完全过渡到市场经济体制，林毅夫认为，其中的主要原因就是国有企业改革的问题尚未解决。他认为银行体系的扭曲、股票市场泡沫、寻租和贪污腐败的出现都和国有企业的问题分不开，这些现象的出现都内生于国有企业没有自生能力。
林毅夫认为，国企改革困难的根源是政策性负担。政策性负担包含战略性负担和社会性负担两种。
在50年代我国为了赶上西方国家的步伐，我国推行的是重工业优先发展的赶超战略，一些大型国有企业因为国家的战略需要而建立起来，经营的是资本密集型的重工业，林认为不符合中国经济的比较优势。在一个开放、竞争的市场中没有竞争力。必须靠政府的扶持和补贴企业才能生存下去，把这种企业称为没有自生能力的企业。没有自身能力是国有企业存在的一个根本性问题。这种由国家发展战略所造成的企业负担称为“战略性负担”问题。
在改革之前，由于我国推行的是重工业优先发展的赶超战略，重工业是资本密集型产业，投资很多，创造的就业机会却很少，但政府必须对城市人口的就业负责，因此就让国有企业吸纳大量工人，形成冗员。但是，在改革之前，冗员对于国有企业不是负担，那时实行的是统收统购，企业的所有投资项目和开支都由财政拨款。而在改革后，冗员的负担逐渐转移到企业身上，造成了一种“社会性负担”。同时，退休职工的退休金也转移到企业当中，从而造成越老的企业负担越重的局面。
有了政策性负担，就会造成政策性亏损。政策性负担是政府加在企业身上的负担，因此政府就需要对企业的政策性亏损负责，所以就会给予企业政策性补贴。由于国家与企业之间存在信息不对称，国家并不完全清楚政策性负担所带来的政策性亏损的具体数额，因此企业就有借口把各种经营性亏损也说成是政策性亏损，国家在信息不对称的情况下无法对政策性亏损和经营性亏损进行辨别，因此就只能承担起企业所有的亏损，从而出现“预算软约束”。
林认为，解决这个问题的前提是把政策性负担消除掉，否则任何针对公司治理的改革都是无效的。如果政策性负担不消除，私有化改革对政府而言会更糟。因为国有企业进行私有化以后，企业的所有者再以政策性负担为借口向国家索要的保护补贴就可以完全进入自己的口袋，而且还是在不会触犯法律的情况下。企业国有时，企业所有者向国家要的保护和补贴，不能直接放在自己的口袋里，否则即是贪污、犯法。由此林认为，国有企业改革的最终落脚点在消除国有企业政策性负担的方法上。
如何剥离国有企业政策性负担？
剥离企业的社会性负担方能。政府可以通过员工下岗制度和建立社会保障体系。虽然这样也需要政府出钱，但这样把社会性负担从企业重剥离出来，政府的开支至少不会增加，可能还会减少，国有企业的效率也会大大提高。
剥离企业的战略性负担方面。林毅夫认为，国企改革应该把有战略性负担的企业分成四大类进行改革。（1）生产的产品关系到是国防安全，必须自己生产，只能由财政拨款给与补贴，并由国家直接监管，不管是国营还是私营，都应该这样，但是这类企业的数量很少。（2）产品国内市场很大，但是资本很密集。可以采用以市场换资本的方式：让这种企业到国外上市，或与国外大企业合资。（3）如果产品没有很大的国内市场，就不可能以市场换资金。这种情况下，这些大型国有企业可以利用在人力资本上的优势实行转产，生产符合我国比较优势的产品。（4）对于在产品、人员、市场方面没有任何优势的企业，就只能破产。
林毅夫认为，尽管国企剥离了政策性负担也不一定会经营好，就像没有政策性负担的私营企业也不一定就能经营好一样，但如果国企改革不把政策性负担剥离掉，任何改革都无效。只有在剥离了国有企业的政策性负担以后，企业的现有效率才会提高。剥离了政策性负担以后，靠市场竞争来解决信息不对称问题，如果剥离后国有企业仍然经营不好，就可以对经理人员进行必须的惩罚；如果还是不好，这样的企业就可以被其他国有或者私有企业收购，甚至破产。反之，如果经营改善，还有可能收购其他国有或者私有，扩大自己的规模。
林毅夫认为，上述改革方案被接受的前提是战略思想的转变。如果国家希望继续保护这些没有自身能力的企业，政府就必须扭曲价格信号，并且在金融和市场准入上进行行政性干预，那么中国就不可能完全过渡到真正的市场经济体制。因此从计划经济过渡到市场经济的前提是战略思想的转变，原来的计划经济体制内生于赶超战略，如果要完全过渡到市场经济体制，就必须放弃赶超战略思想，真正按照比较优势来发展经济。总之，他认为，战略思想的转变是经济成功的前提，也是国有企业改革能得以顺利推进的有效保证。
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