tophat作为当前流行的序列比对软件，为转录组分析提供了很多便利之处
本人原来下了并且安装了tophat2，但是觉得自己的虚拟机硬盘不够大，便重新建立了一个虚拟机并重新安装了tophat2。但是，这次安装我却遇到了许多问题
1.从官网上面直接下载并安装tophat2，再配置好环境变量后，运行tophat2出现如图所示的问题
NO04@0`K`UN6I4N0_E~@HYE.png
出现这样的问题可能是因为Linux系统的python默认为python3，而运行tophat2，则需要python2的环境
所以我们先下载一个Anaconda来配置一个python2的环境
代码如下
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
运行Anaconda
sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
在安装的过程中脚本会问你是否需要添加环境变量，选是，这样我们就不用再去添加环境变量了
下载并安装好Anaconda后，便可以用它来配置一个python2.7的环境，代码如下
conda create --name python27 python=2.7 -y
配置完成后后输入
conda info -e
就可以看到配置的信息如图
ZN(FI$VT`K%UTZM3@(BUEVY.png
再次运行tophat2
结果又出现图示问题
(@%6K0`}EFFA4KKRZ3C{()Q.png
出现这个问题的原因是：
虽然我们配置的python2.7的环境但是系统默认的还是python3，所以我们要把tophat2的解释器更改为我们配置好的python2.7
操作如下
1.先进入tophat2所在的文件夹 如图
QGR9BK3SE``AU%PTLDR}N61.png
然后输入代码
vi tophat
对tophat进行编译
将第一行解释器的路径更改为我们用Anaconda配置好的python2.7的路径（可以输入conda info -e）获得路径
如图
保存好
再次运行tophat2
又出现如图问题
我们切换为root 输入代码
sudo -i
运行tophat2
T`6N%6FN2D_8X7D(I)L}XEP.png
问题解决了！！！！
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