提取一下指定区间的snp

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2024-08-08 16:06 被阅读0次

bcftools的常用命令
提取指定区间的转录本序列
2021-03-31 为VCF文件建立索引（.idx)
bed文件格式
提取参考基因组某个位置的碱基
awk 提取
2022-06-22VCF中提取指定区域的SNP
根据HMP文件统计区间内SNP的个数
plink计算近交系数
dede 常用标签的复杂调用整理（很实用！！）

提取一下这个区间的3K的snp，chr2：1913522-1918048

vcftools --vcf 3k.1M.vcf --chr 2 --from-bp 1913522 --to-bp 1918048 --recode --out output_snps

bcftools的常用命令
tabix index 提取指定染色体 BCFTOOLS 设置统计有多少个SNP：过滤 F_MISSING M...
提取指定区间的转录本序列
用户需求：给定一个区间，找到该区间内所有的基因、转录本。获得所有的转录本序列。解决方案：1.获取目标区段内所有的基...
2021-03-31 为VCF文件建立索引（.idx)
问题背景：做GWAS分析，对方只提供了具有SNP和indel的vcf文件，需要提取SNP时，提取时去发现，需要对...
bed文件格式
有snp的坐标，提取snp位点前后100bp的参考基因组对snp位点bed文件 start 减10 ，end 加...
提取参考基因组某个位置的碱基
引言前几天，有一同学询问如何快速获取到SNP位点上游和下游各100bp区间的序列呢？心里一想，这不就是需要去提取...
awk 提取
今日分析遇到的问题GWAS结果合并很多SNP，想在注释文件中提取某些SNP的注释信息，本来想用R分析，奈何小麦的注...
2022-06-22VCF中提取指定区域的SNP
awk '2<42767716 {print 4"\t"$5}' >R04_R4_1.vcf
根据HMP文件统计区间内SNP的个数
现有区间如上，需要统计各区间内的SNP个数 (示例文件中的Chr文件）公司返还的，或者说从hmp等格式上截取下来...
plink计算近交系数
1.提取个体list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2...
dede 常用标签的复杂调用整理（很实用！！）
1.首页提取指定文章全部内容： 2.提取自定栏目 3.提取指定栏目下文章列表信息 4.提取指定信息 5.前台页面标...