1、当材料为活体时，应用尖锐物由鱼体的脑后部插入，切断延脑后的脊髓，使鱼体不能活动。先观察鱼体外部结构是否发生出血、溃疡、糜烂、寄生虫等症状。如果进行皮肤和鳃等外部的细菌病研究，应在无菌状态下进行患部的细菌接种（以下各脏器的细菌接种相同）。
2、用剪刀剪除鳃盖骨，一般先观察鳃部是否发生烂鳃、肿瘤、肿胀、贫血等症状后，剪取第二鳃瓣，小心镊住鳃弓于消毒过的生理盐水中将鳃丝荡净，置于载玻片上进行鳃丝观察，是否有寄生虫、烂鳃等病理变化。鳃具有软骨组织，包埋前应在5%EDTA浸泡数天，进行脱钙处理。
3、用剪刀由肛门后上方沿脊椎骨下方，小心剪取腹部肌肉至头后部，使鱼体内脏祼露。经肉眼观察腹水、出血、寄生虫和各脏器的症状后，小心剪断食道，将内脏镊出，分别进行各脏器的取样。
4、将鱼体腹部朝上，小心剪取腹膜，使位于脊椎骨下的肾脏外露，头肾位于头部内下方，暗红色，质地与肾脏相似，用小型剪刀小心剪取暗红色的肾脏和头肾进行取样。同样的剪开围心腔膜，剪断心脏动脉球上血管，心脏取样。小鱼苗的肾脏难取，可直接剪取脊椎骨，但包埋前要进行脱钙处理。
5、鱼类的脾脏位于消化道间的结缔组织中，暗红色，椭圆体。
6、鱼类的胰脏一种类型是包埋在肝脏的静脉管周边（肝胰脏）；一各类型是散布在消化道、幽门垂（胃幽门部延伸的消盲囊，其数量因食性不同有异，草食性鱼类的幽门垂数量较多）间的结缔组织中，因无色不易分辨，直接剪取部分幽门垂进行取样。
7、剪取头盖骨，使脑部神经组织处露，观察是否有寄生虫等病变现象后，小心镊取游离的脑组织。脊髓的采集，小型鱼体，可直接将脊椎骨剪取，大型鱼可净脊椎骨解剖后采集，如果材料中带有骨骼，应进行脱钙处理。
8、肠道可分段切取。大型鱼类可以将固定液注入肠内结扎后再固定。
9、一般用注射筒进行尾柄下方的腹下动脉、入鳃血管和心室的血液采集。
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