首任河官
潘季驯生活的年代，正是明王朝从兴盛走向衰落的时期，宦官专权，国力衰微，水患频繁，民不聊生。
嘉靖四十四年秋，野马似的黄河再次泛滥，在沛县飞云桥冲决河堤，黄河洪水裹挟着大量泥沙漫过运河东注昭阳湖，大运河鲁南河道淤塞百余里，徐州以上纵横数百里间一片泽国，灾情空前严重。也正是这一年十一月，朝廷任命潘季驯由左少卿进右佥都御史，总理河道。同时也把刚刚委任为南京刑部尚书的朱衡改任为工部尚书兼右副都御史，总理河漕，与潘季驯一起治理两河。
潘季驯和朱衡两位新任河官的眼前，运河旧渠已被黄河泥沙漫溢成一片陆地。而三十年前故都御史盛应期所开未完的湖东运河新河，自南阳以南东至夏村，又东南至留城，故址尚在。这不能不说明前任治河官员特别是盛应期的高明。三十年前没有最后完工的新运河河道所处地域较高，黄河决堤漫溢出的洪水只能涌至昭阳湖止，不能继续往东也就是未完工的新河，如果新运河建成，在这样洪水情况下依然可以通运。
朱衡决定重开新河，筑堤吕孟湖以防溃决。
潘季驯自上任以来，对黄河、运河也进行了大量实地调查，特别是在研究了大量前人治黄经验教训的基础上，他的脑子里逐步形成了一整套治黄保运的理论。在这套理论形成的初始阶段，特别是面临刚一上任就需要面对的保运问题，他选择了一种与朱衡开挖新河不同的方法。他认为所经开挖的新河土浅石厚、泉多易涌，“开不开新河”在历史上已经反复争论，已有定论，开新河属劳民伤财。而旧河新淤，很容易清理，两相比较，还是清理旧河新淤比较容易。因此他倾向于治理旧河。潘季驯、朱衡两个人之间为治河产生了矛盾。
公元１５６６年３月，朝廷又安排工科给事中何起鸣去勘察河工，也就是解决潘、朱矛盾。何起鸣从沛县勘察河工后，上书支持朱衡的意见。虽然潘季驯还想坚持自己的主张，但是看到朝廷也明确支持了朱衡以后，潘季驯放弃了自己的主张，主动配合朱衡开起新河来。
两位河官领导着万千治水夫工引鲇鱼、薛沙等河水进入新渠，筑马家桥堤以遏飞云桥决口。不到一年的时间，新河工程完工，河长一百九十四里。漕艘由境山入，通行至南阳。这年冬天，潘季驯因家中母亲去世，按照旧制，向朝廷请假回家守制。朝廷下诏委朱衡兼理河道事务。
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